索引

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__init__() （Bio.Phylo.PhyloXML.ProteinDomain 方法） __init__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Reference 方法） __init__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 方法） __init__() （Bio.Phylo.PhyloXML.SequenceRelation 方法） __init__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Taxonomy 方法） __init__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Uri 方法） __init__() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） __init__() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） __init__() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 方法） __init__() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceMatrix 方法） __init__() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 方法） __init__() （Bio.Phylo.TreeConstruction.NNITreeSearcher 方法） __init__() （Bio.Phylo.TreeConstruction.ParsimonyScorer 方法） __init__() （Bio.Phylo.TreeConstruction.ParsimonyTreeConstructor 方法） __init__() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） __init__() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） __init__() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） __init__() （Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser.Record 方法） __init__() 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__str__() （Bio.SeqFeature.ExactPosition 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.FeatureLocation 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.OneOfPosition 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.PositionGap 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.Reference 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.SeqFeature 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.WithinPosition 方法） __str__() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） __str__() （Bio.Wise.dnal.Statistics 方法） __sub__() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） __sub__() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） __sub__() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） __sub__() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） __sub__() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） __sub__() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） __sub__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Confidence 方法） __truediv__() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） __truediv__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Confidence 方法）

A

aacateg（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） aamatrix（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） AbiIterator（Bio.SeqIO.AbiIO 中的類） AbstractAtomPropertyMap（Bio.PDB.AbstractPropertyMap 中的類） AbstractCommandline（Bio.Application 中的類） AbstractDPAlgorithms（Bio.HMM.DynamicProgramming 中的類） AbstractPosition（Bio.SeqFeature 中的類） AbstractPropertyMap（Bio.PDB.AbstractPropertyMap 中的類） AbstractResiduePropertyMap（Bio.PDB.AbstractPropertyMap 中的類） AbstractTrainer（Bio.HMM.Trainer 中的類） accept_atom() （Bio.PDB.Dice.ChainSelector 方法） accept_atom() （Bio.PDB.PDBIO.Select 方法） accept_atoms（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 屬性） accept_chain() （Bio.PDB.Dice.ChainSelector 方法） accept_chain() （Bio.PDB.PDBIO.Select 方法） accept_deuteriums（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 屬性） accept_hydrogens（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 屬性） accept_mainchain（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 屬性） accept_model() （Bio.PDB.Dice.ChainSelector 方法） accept_model() （Bio.PDB.PDBIO.Select 方法） accept_residue() （Bio.PDB.Dice.ChainSelector 方法） accept_residue() （Bio.PDB.PDBIO.Select 方法） accept_resnames（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 屬性） accession() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） accession() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Accession（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） ACEFileRecord（Bio.Sequencing.Ace 中的類） AceIterator()（在 Bio.SeqIO.AceIO 模塊中） adam_consensus()（在 Bio.Phylo.Consensus 模塊中） adapter3（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） adapter5（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） Adaptor（BioSQL.BioSeqDatabase 中的類） add() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） add() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） add() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） add() （Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue 方法） add() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） add_annotation() （Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser 方法） add_component() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） add_edge() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） add_edge() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） add_entry() （Bio.Blast.ParseBlastTable.BlastTableRec 方法） add_entry() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） add_graphics() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） add_interaction() （Bio.Pathway.Network 方法） add_node() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） add_node() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） add_primer_set() （Bio.Emboss.PrimerSearch.InputRecord 方法） add_product() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 方法） add_reaction() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） add_reaction() （Bio.Pathway.System 方法） add_relation() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） add_residue() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） add_sequence() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） add_species() （Bio.Pathway.Network 方法） add_substrate() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 方法） add_succ() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） adjustdirectionaccurately（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） adjustdirection（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） afc_v（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） afc（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） affine_penalty（Bio.pairwise2 中的類） aformat（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） aformat（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） aformat（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） aformat（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） aformat（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） AfterPosition（Bio.SeqFeature 中的類） af（Bio.Sequencing.Ace 中的類） algorithm（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） algorithm（Bio.Sequencing.Applications.BwaIndexCommandline 屬性） align() （Bio.Align.PairwiseAligner 方法） align()（在 Bio.Wise 模塊中） align()（在 Bio.Wise.dnal 模塊中） align()（在 Bio.Wise.psw 模塊中） aligned（Bio.Align.PairwiseAlignment 屬性） alignment_order（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） AlignmentColumnFullException AlignmentColumn（Bio.Wise.psw 中的類） AlignmentHasDifferentLengthsError AlignmentIterator（Bio.AlignIO.Interfaces 中的類） AlignmentWriter（Bio.AlignIO.Interfaces 中的類） Alignment（Bio.Blast.Record 中的類） Alignment（Bio.Wise.psw 中的類） align（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） align（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） all_ids() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） all_pairs()（在 Bio.Wise 模塊中） AllBonds（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 屬性） allow_all_transitions() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） allow_transition() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） alphabet（Bio.Align.substitution_matrices.Array 屬性） alpha（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） alt() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） altloc_match() （Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 方法） altloc（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey.fieldsDef 屬性） AmbiguousCodonTable（Bio.Data.CodonTable 中的類） AmbiguousForwardTable（Bio.Data.CodonTable 中的類） amino（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） amino（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性）

Amplifier（Bio.Emboss.PrimerSearch 中的類） anchorspacing（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） anchors（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） anc（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） angle() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） angle（Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 屬性） angle（Bio.PDB.internal_coords.Hedron 屬性） annotate()（在 Bio.PDB.PSEA 模塊中） annotation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） annotation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） annotations（BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord 屬性） Annotation（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） annot（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） annot（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） anticonsensus（Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 屬性） anticonsensus（Bio.motifs.Motif 屬性） aoutfeat（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） append() （Bio.Align.MultipleSeqAlignment 方法） append() （Bio.SCOP.Raf.SeqMap 方法） append() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） append() （Bio.Wise.psw.Alignment 方法） append() （Bio.Wise.psw.AlignmentColumn 方法） append_item() （Bio.Blast.Record.DescriptionExt 方法） append_sets() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） ApplicationError apply() （Bio.PDB.Superimposer.Superimposer 方法） applyMtx() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） archive（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） aromaticity() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） Array（Bio.Align.substitution_matrices 中的類） as_fasta()（在 Bio.SeqIO.FastaIO 模塊中） as_fasta_2line()（在 Bio.SeqIO.FastaIO 模塊中） as_fastq()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） as_fastq_illumina()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） as_fastq_solexa()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） as_handle()（在 Bio.File 模塊中） as_phyloxml() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） as_phyloxml() （Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 方法） as_qual()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） as_tab()（在 Bio.SeqIO.TabIO 模塊中） asequence（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） asequence（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） asequence（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） asequence（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） asequence（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） asequence（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） assemble() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） assemble_residues() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） Astral（Bio.SCOP 中的類） atm241()（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 靜態方法） atm（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey.fieldsDef 屬性） atom_re（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 屬性） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.Model.Model 方法） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） AtomIterator()（在 Bio.SeqIO.PdbIO 模塊中） AtomKey.fieldsDef（Bio.PDB.internal_coords 中的類） AtomKey（Bio.PDB.internal_coords 中的類） Atom（Bio.PDB.Atom 中的類） autocommit() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） autocommit() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） autocommit() （BioSQL.DBUtils.Pgdb_dbutils 方法） autocommit() （BioSQL.DBUtils.Psycopg2_dbutils 方法） auto（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） auto（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） auto（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） a（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） a（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） A（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） a（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） a（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） A（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） A（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） A（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsPhaseCommandline 屬性）

B

b1（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） b2（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） back_table（Bio.Data.CodonTable.CodonTable 屬性） back_transcribe() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） back_transcribe()（在 Bio.Seq 模塊中） background（Bio.motifs.Motif 屬性） backward_algorithm() （Bio.HMM.DynamicProgramming.AbstractDPAlgorithms 方法） bam_file（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsReheaderCommandline 屬性） bams（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCatCommandline 屬性） bam（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） BASE_FEATURE_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） BASE_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） base_id（Bio.motifs.jaspar.Motif 屬性） basefreq（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） basefreq（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） BasemlError Baseml（Bio.Phylo.PAML.baseml 中的類） BaumWelchTrainer（Bio.HMM.Trainer 中的類） bc() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） BeforePosition（Bio.SeqFeature 中的類） best_hit_overhang（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） best_hit_overhang（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） best_hit_overhang（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） best_hit_overhang（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） best_hit_overhang（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） best_hit_overhang（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） best_hit_overhang（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） best_hit_overhang（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） best_hit_score_edge（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） best_hit_score_edge（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） best_hit_score_edge（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） best_hit_score_edge（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） best_hit_score_edge（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） best_hit_score_edge（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） best_hit_score_edge（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） best_hit_score_edge（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） best（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） BetweenPosition（Bio.SeqFeature 中的類） bf_search()（在 Bio.Pathway.Rep.MultiGraph 模塊中） bgcolor（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性） BgzfBlocks()（在 Bio.bgzf 模塊中） BgzfReader（Bio.bgzf 中的類） BgzfWriter（Bio.bgzf 中的類） binary_characters() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） binary_characters() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） binary_constraint（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） BinaryCharacters（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） Bio 模塊 Bio.Affy 模塊 Bio.Affy.CelFile 模塊 Bio.Align 模塊 Bio.Align.AlignInfo 模塊 Bio.Align.Applications 模塊 Bio.Align.substitution_matrices 模塊 Bio.AlignIO 模塊 Bio.AlignIO.ClustalIO 模塊 Bio.AlignIO.EmbossIO 模塊 Bio.AlignIO.FastaIO 模塊 Bio.AlignIO.Interfaces 模塊 Bio.AlignIO.MafIO 模塊 Bio.AlignIO.MauveIO 模塊 Bio.AlignIO.MsfIO 模塊 Bio.AlignIO.NexusIO 模塊 Bio.AlignIO.PhylipIO 模塊 Bio.AlignIO.StockholmIO 模塊 Bio.Application 模塊 Bio.bgzf 模塊 Bio.Blast 模塊 Bio.Blast.Applications 模塊 Bio.Blast.NCBIWWW 模塊 Bio.Blast.NCBIXML 模塊 Bio.Blast.ParseBlastTable 模塊 Bio.Blast.Record 模塊 Bio.CAPS 模塊 Bio.Cluster 模塊 Bio.codonalign 模塊 Bio.codonalign.codonalignment 模塊 Bio.codonalign.codonseq 模塊 Bio.Compass 模塊 Bio.Data 模塊 Bio.Data.CodonTable 模塊 Bio.Data.IUPACData 模塊 Bio.Data.SCOPData 模塊 Bio.Emboss 模塊 Bio.Emboss.Applications 模塊 Bio.Emboss.Primer3 模塊 Bio.Emboss.PrimerSearch 模塊 Bio.Entrez 模塊 Bio.Entrez.Parser 模塊 Bio.ExPASy 模塊 Bio.ExPASy.cellosaurus 模塊 Bio.ExPASy.Enzyme 模塊 Bio.ExPASy.Prodoc 模塊 Bio.ExPASy.Prosite 模塊 Bio.ExPASy.ScanProsite 模塊 Bio.File 模塊 Bio.GenBank 模塊 Bio.GenBank.Record 模塊 Bio.GenBank.Scanner 模塊 Bio.GenBank.utils 模塊 Bio.Geo 模塊 Bio.Geo.Record 模塊 Bio.HMM 模塊 Bio.HMM.DynamicProgramming 模塊 Bio.HMM.MarkovModel 模塊 Bio.HMM.Trainer 模塊 Bio.HMM.Utilities 模塊 Bio.KEGG 模塊 Bio.KEGG.Compound 模塊 Bio.KEGG.Enzyme 模塊 Bio.KEGG.Gene 模塊 Bio.KEGG.KGML 模塊 Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 模塊 Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 模塊 Bio.KEGG.Map 模塊 Bio.KEGG.REST 模塊 Bio.kNN 模塊 Bio.LogisticRegression 模塊 Bio.MarkovModel 模塊 Bio.MaxEntropy 模塊 Bio.Medline 模塊 Bio.motifs 模塊 Bio.motifs.alignace 模塊 Bio.motifs.applications 模塊 Bio.motifs.clusterbuster 模塊 Bio.motifs.jaspar 模塊 Bio.motifs.jaspar.db 模塊 Bio.motifs.mast 模塊 Bio.motifs.matrix 模塊 Bio.motifs.meme 模塊 Bio.motifs.minimal 模塊 Bio.motifs.pfm 模塊 Bio.motifs.thresholds 模塊 Bio.motifs.transfac 模塊 Bio.motifs.xms 模塊 Bio.NaiveBayes 模塊 Bio.Nexus 模塊 Bio.Nexus.Nexus 模塊 Bio.Nexus.Nodes 模塊 Bio.Nexus.StandardData 模塊 Bio.Nexus.Trees 模塊 Bio.NMR 模塊 Bio.NMR.NOEtools 模塊 Bio.NMR.xpktools 模塊 Bio.pairwise2 模塊 Bio.Pathway 模塊 Bio.Pathway.Rep 模塊 Bio.Pathway.Rep.Graph 模塊 Bio.Pathway.Rep.MultiGraph 模塊 Bio.PDB 模塊 Bio.PDB.AbstractPropertyMap 模塊 Bio.PDB.Atom 模塊 Bio.PDB.Chain 模塊 Bio.PDB.Dice 模塊 Bio.PDB.DSSP 模塊 Bio.PDB.Entity 模塊 Bio.PDB.FragmentMapper 模塊 Bio.PDB.HSExposure 模塊 Bio.PDB.ic_data 模塊 Bio.PDB.ic_rebuild 模塊 Bio.PDB.internal_coords 模塊 Bio.PDB.MMCIF2Dict 模塊 Bio.PDB.mmcifio 模塊 Bio.PDB.MMCIFParser 模塊 Bio.PDB.Model 模塊 Bio.PDB.NACCESS 模塊 Bio.PDB.NeighborSearch 模塊 Bio.PDB.parse_pdb_header 模塊 Bio.PDB.PDBExceptions 模塊 Bio.PDB.PDBIO 模塊 Bio.PDB.PDBList 模塊 Bio.PDB.PDBParser 模塊 Bio.PDB.PICIO 模塊 Bio.PDB.Polypeptide 模塊 Bio.PDB.PSEA 模塊 Bio.PDB.QCPSuperimposer 模塊 Bio.PDB.Residue 模塊 Bio.PDB.ResidueDepth 模塊 Bio.PDB.SASA 模塊

Bio.PDB.SCADIO 模塊 Bio.PDB.Selection 模塊 Bio.PDB.Structure 模塊 Bio.PDB.StructureAlignment 模塊 Bio.PDB.StructureBuilder 模塊 Bio.PDB.Superimposer 模塊 Bio.PDB.vectors 模塊 Bio.phenotype 模塊 Bio.phenotype.phen_micro 模塊 Bio.phenotype.pm_fitting 模塊 Bio.Phylo 模塊 Bio.Phylo.Applications 模塊 Bio.Phylo.BaseTree 模塊 Bio.Phylo.CDAO 模塊 Bio.Phylo.Consensus 模塊 Bio.Phylo.Newick 模塊 Bio.Phylo.NewickIO 模塊 Bio.Phylo.NeXML 模塊 Bio.Phylo.NeXMLIO 模塊 Bio.Phylo.NexusIO 模塊 Bio.Phylo.PAML 模塊 Bio.Phylo.PAML.baseml 模塊 Bio.Phylo.PAML.chi2 模塊 Bio.Phylo.PAML.codeml 模塊 Bio.Phylo.PAML.yn00 模塊 Bio.Phylo.PhyloXML 模塊 Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模塊 Bio.Phylo.TreeConstruction 模塊 Bio.PopGen 模塊 Bio.PopGen.GenePop 模塊 Bio.PopGen.GenePop.Controller 模塊 Bio.PopGen.GenePop.EasyController 模塊 Bio.PopGen.GenePop.FileParser 模塊 Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 模塊 Bio.Restriction 模塊 Bio.Restriction.PrintFormat 模塊 Bio.Restriction.Restriction_Dictionary 模塊 Bio.SCOP 模塊 Bio.SCOP.Cla 模塊 Bio.SCOP.Des 模塊 Bio.SCOP.Dom 模塊 Bio.SCOP.Hie 模塊 Bio.SCOP.Raf 模塊 Bio.SCOP.Residues 模塊 Bio.SearchIO 模塊 Bio.SearchIO.BlastIO 模塊 Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 模塊 Bio.SearchIO.BlastIO.blast_text 模塊 Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 模塊 Bio.SearchIO.BlatIO 模塊 Bio.SearchIO.ExonerateIO 模塊 Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar 模塊 Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text 模塊 Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar 模塊 Bio.SearchIO.FastaIO 模塊 Bio.SearchIO.HHsuiteIO 模塊 Bio.SearchIO.HHsuiteIO.hhsuite2_text 模塊 Bio.SearchIO.HmmerIO 模塊 Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text 模塊 Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 模塊 Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 模塊 Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text 模塊 Bio.SearchIO.InterproscanIO 模塊 Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml 模塊 Bio.Seq 模塊 Bio.SeqFeature 模塊 Bio.SeqIO 模塊 Bio.SeqIO.AbiIO 模塊 Bio.SeqIO.AceIO 模塊 Bio.SeqIO.FastaIO 模塊 Bio.SeqIO.GckIO 模塊 Bio.SeqIO.IgIO 模塊 Bio.SeqIO.InsdcIO 模塊 Bio.SeqIO.Interfaces 模塊 Bio.SeqIO.NibIO 模塊 Bio.SeqIO.PdbIO 模塊 Bio.SeqIO.PhdIO 模塊 Bio.SeqIO.PirIO 模塊 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊 Bio.SeqIO.SeqXmlIO 模塊 Bio.SeqIO.SffIO 模塊 Bio.SeqIO.SnapGeneIO 模塊 Bio.SeqIO.SwissIO 模塊 Bio.SeqIO.TabIO 模塊 Bio.SeqIO.TwoBitIO 模塊 Bio.SeqIO.UniprotIO 模塊 Bio.SeqIO.XdnaIO 模塊 Bio.SeqRecord 模塊 Bio.Sequencing 模塊 Bio.Sequencing.Ace 模塊 Bio.Sequencing.Applications 模塊 Bio.Sequencing.Phd 模塊 Bio.SeqUtils 模塊 Bio.SeqUtils.CheckSum 模塊 Bio.SeqUtils.CodonUsage 模塊 Bio.SeqUtils.CodonUsageIndices 模塊 Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint 模塊 Bio.SeqUtils.lcc 模塊 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模塊 Bio.SeqUtils.ProtParam 模塊 Bio.SeqUtils.ProtParamData 模塊 Bio.SVDSuperimposer 模塊 Bio.SwissProt 模塊 Bio.SwissProt.KeyWList 模塊 Bio.TogoWS 模塊 Bio.UniGene 模塊 Bio.UniProt 模塊 Bio.UniProt.GOA 模塊 Bio.Wise 模塊 Bio.Wise.dnal 模塊 Bio.Wise.psw 模塊 bionj（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） BiopythonDeprecationWarning BiopythonExperimentalWarning BiopythonParserWarning BiopythonWarning BioSeqDatabase（BioSQL.BioSeqDatabase 中的類） BioSQL 模塊 BioSQL.BioSeq 模塊 BioSQL.BioSeqDatabase 模塊 BioSQL.DBUtils 模塊 BioSQL.Loader 模塊 bipartition_filename（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） blastdb_version（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） BlastParser（Bio.Blast.NCBIXML 中的類） BlastTabIndexer（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 中的類） BlastTableEntry（Bio.Blast.ParseBlastTable 中的類） BlastTableReader（Bio.Blast.ParseBlastTable 中的類） BlastTableRec（Bio.Blast.ParseBlastTable 中的類） BlastTabParser（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 中的類） BlastTabWriter（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 中的類） BlastTextParser（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_text 中的類） BlastXmlIndexer（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 中的類） BlastXmlParser（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 中的類） BlastXmlWriter（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 中的類） Blast（Bio.Blast.Record 中的類） BlatPslIndexer（Bio.SearchIO.BlatIO 中的類） BlatPslParser（Bio.SearchIO.BlatIO 中的類） BlatPslWriter（Bio.SearchIO.BlatIO 中的類） block_size（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer 屬性） BLOCKS_PER_LINE（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） blocksize（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） Block（Bio.Nexus.Nexus 中的類） BLOCK（Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlIterator 屬性） blue() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） bl（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） bootlabels（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） bootstrap() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） bootstrap()（在 Bio.Phylo.Consensus 模塊中） bootstrap_branch_lengths（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） bootstrap_consensus()（在 Bio.Phylo.Consensus 模塊中） bootstrap_seed（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） bootstrap_trees()（在 Bio.Phylo.Consensus 模塊中） bootstrap（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） bootstrap（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） boot（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） bounds（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 屬性） bounds（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性） bounds（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） boutfeat（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） branch_length() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） BranchColor（Bio.Phylo.BaseTree 中的類） BranchColor（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） branchlength2support() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） brenner（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） brief（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） brief（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） brief（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） bsequence（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） bsequence（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） bsequence（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） bsequence（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） bsequence（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） bsequence（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） bs（Bio.Sequencing.Ace 中的類） build()（在 Bio.codonalign 模塊中） build_glyCB() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） build_rak_cache() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） build_tree() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 方法） build_tree() （Bio.Phylo.TreeConstruction.ParsimonyTreeConstructor 方法） build_tree() （Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeConstructor 方法） BwaAlignCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） BwaBwaswCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） BwaIndexCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） BwaMemCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） BwaSampeCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） BwaSamseCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） B（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） b（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） b（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） B（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） b（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） B（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） b（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） b（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsPhaseCommandline 屬性） b（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

C

ca_depth()（在 Bio.PDB.ResidueDepth 模塊中） cai_for_gene() （Bio.SeqUtils.CodonUsage.CodonAdaptationIndex 方法） cal_dn_ds()（在 Bio.codonalign.codonseq 模塊中） calc_affine_penalty()（在 Bio.pairwise2 模塊中） calc_allele_genotype_freqs() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calc_angle()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） calc_dihedral()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） calc_diversities_fis_with_identity() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calc_diversities_fis_with_size() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calc_fst_all() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calc_fst_pair() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calc_ibd() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） calc_ibd_diplo() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calc_ibd_haplo() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calc_rho_all() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calc_rho_pair() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） calculate() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） calculate()（在 Bio.kNN 模塊中） calculate()（在 Bio.LogisticRegression 模塊中） calculate()（在 Bio.MaxEntropy 模塊中） calculate()（在 Bio.NaiveBayes 模塊中） calculate_pseudocounts()（在 Bio.motifs.jaspar 模塊中） CaPPBuilder（Bio.PDB.Polypeptide 中的類） CAPSMap（Bio.CAPS 中的類） carboxyl（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） case（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） categories（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） catergories（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） catergories（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） cat（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） cdao_to_obo()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模塊中） cdf_chi2()（在 Bio.Phylo.PAML.chi2 模塊中） center_of_mass() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） center_of_mass() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） center（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） centre（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性） ChainException ChainSelector（Bio.PDB.Dice 中的類） Chain（Bio.Nexus.Nodes 中的類） Chain（Bio.PDB.Chain 中的類） characterDataHandlerEscape() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） characterDataHandlerRaw() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） characters() （Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 方法） characters() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） CharBuffer（Bio.Nexus.Nexus 中的類） charge_at_pH() （Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint.IsoelectricPoint 方法） charge_at_pH() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） checkpoints（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） check（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） chem_correction()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模塊中） child_edges() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） child_edges() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） children() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） children() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） cic（Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 屬性） cic（Bio.PDB.internal_coords.Hedron 屬性） CifAtomIterator()（在 Bio.SeqIO.PdbIO 模塊中） CifSeqresIterator()（在 Bio.SeqIO.PdbIO 模塊中） clade() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） clade_relation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） clade_relation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） CladeRelation（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） Clade（Bio.Phylo.BaseTree 中的類） clade（Bio.Phylo.BaseTree.Tree 屬性） Clade（Bio.Phylo.CDAO 中的類） Clade（Bio.Phylo.Newick 中的類） Clade（Bio.Phylo.NeXML 中的類） Clade（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） classify()（在 Bio.kNN 模塊中） classify()（在 Bio.LogisticRegression 模塊中） classify()（在 Bio.MaxEntropy 模塊中） classify()（在 Bio.NaiveBayes 模塊中） clean() （Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentWriter 方法） clean() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） clean_value() （Bio.GenBank.utils.FeatureValueCleaner 方法） clear_ic() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） clear_transforms() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） close() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） close() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） close() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） close() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） close（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） ClustalIterator（Bio.AlignIO.ClustalIO 中的類） ClustalOmegaCommandline（Bio.Align.Applications 中的類） clustalout（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） ClustalwCommandline（Bio.Align.Applications 中的類） ClustalWriter（Bio.AlignIO.ClustalIO 中的類） clustalw（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） clustalw（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） cluster1（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） cluster2（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） cluster_threshold_fast（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） cluster_threshold（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） clustercentroids() （Bio.Cluster.Record 方法） clustercentroids()（在 Bio.Cluster 模塊中） clusterdistance() （Bio.Cluster.Record 方法） clusterdistance()（在 Bio.Cluster 模塊中） clusteringout（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） clustering（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） clustersize（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） cluster（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） clwout（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） clwstrictout（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） clwstrict（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） clw（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） Cmodulo（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 屬性） cmp_sccs()（在 Bio.SCOP 模塊中） code() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） CodemlError Codeml（Bio.Phylo.PAML.codeml 中的類） CodonAdaptationIndex（Bio.SeqUtils.CodonUsage 中的類）

CodonAlignment（Bio.codonalign.codonalignment 中的類） CodonSeq（Bio.codonalign.codonseq 中的類） CodonTable（Bio.Data.CodonTable 中的類） codon（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） collapse() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） collapse() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） collapse_all() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） collapse_genera() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） color() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） color() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） color_names（Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 屬性） color（Bio.Phylo.BaseTree.Clade 屬性） column_annotations（Bio.Align.MultipleSeqAlignment 屬性） ColumnUnit（Bio.Wise.psw 中的類） combine()（在 Bio.Nexus.Nexus 模塊中） Commandline（Bio.Nexus.Nexus 中的類） commit() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） commit() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） common_ancestor() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） common_ancestor() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） common_name() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） comp_based_stats（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） comp_based_stats（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） comp_based_stats（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） comp_based_stats（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） comp_based_stats（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） comp_based_stats（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） comp_based_stats（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） compare_residues()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模塊中） complement() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） complement() （Bio.Seq.Seq 方法） complement() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） complement()（在 Bio.Seq 模塊中） complement_rna() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） complement_rna()（在 Bio.Seq 模塊中） complement（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） Component（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的類） CompoundLocation（Bio.SeqFeature 中的類） compounds（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） compute() （Bio.PDB.SASA.ShrakeRupley 方法） confidence() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） confidence() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Confidence（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） confidence（Bio.Phylo.PhyloXML.Clade 屬性） confidence（Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 屬性） consensus()（在 Bio.Nexus.Trees 模塊中） consensus（Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 屬性） consensus（Bio.motifs.Motif 屬性） consistency（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） consistency（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） ConsoleWidth（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 屬性） constant() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） constraints（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） constraintWeight（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） ContentHandler（Bio.ExPASy.ScanProsite 中的類） ContentHandler（Bio.SeqIO.SeqXmlIO 中的類） Contig（Bio.Sequencing.Ace 中的類） convert()（在 Bio.AlignIO 模塊中） convert()（在 Bio.SearchIO 模塊中） convert()（在 Bio.SeqIO 模塊中） convert()（在 Bio.TogoWS 模塊中） convert_absolute_support() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） convert（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） convert（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） convert（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） coord_space()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） coords_to_residue() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） coords_to_structure() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） coords（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性） copy() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） copy() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） copy() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） copy() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） copy() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） cores（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） core（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） CorruptedXMLError count() （Bio.motifs.Instances 方法） count() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） count() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） count_amino_acids() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） count_overlap() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） count_terminals() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） count_terminals() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） crc32()（在 Bio.SeqUtils.CheckSum 模塊中） crc64()（在 Bio.SeqUtils.CheckSum 模塊中） create()（在 Bio.motifs 模塊中） create_contingency_tables() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） crop_matrix() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） cstatus() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） CsvIterator()（在 Bio.phenotype.phen_micro 模塊中） cs（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） ct（Bio.Sequencing.Ace 中的類） culling_limit（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） culling_limit（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） culling_limit（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） culling_limit（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） culling_limit（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） culling_limit（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） culling_limit（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） culling_limit（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） cut() （Bio.Cluster.Tree 方法） cw（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） c（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） c（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） c（Bio.Sequencing.Applications.BwaIndexCommandline 屬性） C（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） c（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） C（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） C（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） c（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

D

d2h（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 屬性） data_generator() （Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser.Record 方法） data_table()（在 Bio.NMR.xpktools 模塊中） DatabaseLoader（BioSQL.Loader 中的類） DatabaseRemover（BioSQL.Loader 中的類） DatabaseReport（Bio.Blast.Record 中的類） database（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） datafile（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） datafile（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） datafile（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） datafile（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） datafile（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） DataHandlerMeta（Bio.Entrez.Parser 中的類） DataHandler（Bio.Entrez.Parser 中的類） datatype（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） data（Bio.Seq.MutableSeq 屬性） date() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） date() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Date（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） db_gencode（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） db_gencode（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） db_hard_mask（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） db_hard_mask（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） db_hard_mask（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） db_hard_mask（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） db_hard_mask（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） db_soft_mask（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） db_soft_mask（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） db_soft_mask（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） db_soft_mask（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） db_soft_mask（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） DBSeqRecord（BioSQL.BioSeq 中的類） DBServer（BioSQL.BioSeqDatabase 中的類） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） dbsize（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） dbtype（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） dbxrefs（BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） db（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） dealign（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） debug（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） decode() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） DEFAULT_PSEUDO（Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 屬性） default_startpos() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） degenerate_consensus（Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 屬性） degenerate_consensus（Bio.motifs.Motif 屬性） depths() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） desc() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） description() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） DescriptionExtItem（Bio.Blast.Record 中的類） DescriptionExt（Bio.Blast.Record 中的類） Description（Bio.Blast.Record 中的類） destroy_transition() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） detach_child() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） detach_parent() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） detach_parent() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） detach_parent() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） df_search()（在 Bio.Pathway.Rep.MultiGraph 模塊中） diagbreak（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） diaglength（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） diagmargin（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） diags（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） DialignCommandline（Bio.Align.Applications 中的類）

dictionary_match（Bio.pairwise2 中的類） DictionaryElement（Bio.Entrez.Parser 中的類） die（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） die（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） DifferentialCutsite（Bio.CAPS 中的類） DiffseqCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） Dihedron（Bio.PDB.internal_coords 中的類） dimer（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） directory（Bio.Entrez.Parser.DataHandlerMeta 屬性） disordered_add() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） disordered_add() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_add() （Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue 方法） disordered_get() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_get_id_list() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_get_list() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） disordered_get_list() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_has_id() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_remove() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） disordered_remove() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_remove() （Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue 方法） disordered_select() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） DisorderedAtom（Bio.PDB.Atom 中的類） DisorderedEntityWrapper（Bio.PDB.Entity 中的類） DisorderedResidue（Bio.PDB.Residue 中的類） display() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） dist_pearson() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） dist_pearson_at() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） distance() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） distance() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） distance1（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） distance2（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） DistanceCalculator（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） distancematrix() （Bio.Cluster.Record 方法） distancematrix()（在 Bio.Cluster 模塊中） DistanceMatrix（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） DistanceTreeConstructor（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） distmat_full_iter（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） distmat_full（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） distmat_in（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） distmat_out（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） distribution() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） distribution() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） distribution() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Distribution（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） disulphides（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） dna_models（Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 屬性） dnaconc（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） dnafreqs（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） dnamatrix（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） domain() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） domain() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） domain_architecture() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） domain_architecture() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） domain_inclusion_ethresh（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） DomainArchitecture（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） domainsClusteredByEv() （Bio.SCOP.Astral 方法） domainsClusteredById() （Bio.SCOP.Astral 方法） Domain（Bio.SCOP 中的類） dotdiff（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） dotdiff（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） dotdiff（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） dots（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） download_entire_pdb() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） download_obsolete_entries() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） download_pdb_files() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） dpparttree（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） dssp_dict_from_pdb_file()（在 Bio.PDB.DSSP 模塊中） DSSP（Bio.PDB.DSSP 中的類） ds（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） ds（Bio.Sequencing.Ace 中的類） dtype（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） dumb_consensus() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） duplications() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） dust（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） d（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） d（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） d（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） D（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） d（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性）

E

ease（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） EasyController（Bio.PopGen.GenePop.EasyController 中的類） ecitmatch()（在 Bio.Entrez 模塊中） edges() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） edges() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） edron_re（Bio.PDB.internal_coords.Edron 屬性） Edron（Bio.PDB.internal_coords 中的類） efetch()（在 Bio.Entrez 模塊中） egquery()（在 Bio.Entrez 模塊中） einfo()（在 Bio.Entrez 模塊中） EInvertedCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） elementDecl() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component 屬性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 屬性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 屬性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation 屬性） elink()（在 Bio.Entrez 模塊中） em0（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsTargetcutCommandline 屬性） em1（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsTargetcutCommandline 屬性） em2（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsTargetcutCommandline 屬性） EMBL_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） EMBL_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） EmblCdsFeatureIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的類） EmblIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的類） EmblScanner（Bio.GenBank.Scanner 中的類） EmblWriter（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的類） EmbossIterator（Bio.AlignIO.EmbossIO 中的類） emissions（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） encode() （Bio.Seq.Seq 方法） endDBRefElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endDescriptionElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endElement() （Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 方法） endElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endEntryElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endErrorElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endextend（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） endextend（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） endgaps（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） endIntegerElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endNamespaceDeclHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endnum_re（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 屬性） endopen（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） endopen（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） endPropertyElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endRawElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endSequenceElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endSeqXMLElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endSkipElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endSpeciesElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endStringElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endswith() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） endweight（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） endweight（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） end（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 屬性） end（Bio.SeqFeature.FeatureLocation 屬性） Entity（Bio.PDB.Entity 中的類） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） entrez_query（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） entry()（在 Bio.TogoWS 模塊中） entry1（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation 屬性） entry2（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation 屬性） Entry（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的類） entry（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 屬性） enumerate_atoms()（在 Bio.PDB.PICIO 模塊中） epost()（在 Bio.Entrez 模塊中） epsilon（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） ep（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） equal_weight()（在 Bio.kNN 模塊中） errorfile（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性）

error（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） error（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） esearch()（在 Bio.Entrez 模塊中） espell()（在 Bio.Entrez 模塊中） Est2GenomeCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） estimate_nm() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） estimate_nm() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） estimate_params() （Bio.HMM.Trainer.AbstractTrainer 方法） est（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） esummary()（在 Bio.Entrez 模塊中） ETandemCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） evalue（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） events() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） events() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Events（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） ExactPosition（Bio.SeqFeature 中的類） exclude_filename（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） excludedregion（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） execute() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） execute() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） execute() （BioSQL.DBUtils.Sqlite_dbutils 方法） execute_and_fetch_col0() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） execute_and_fetch_col0() （BioSQL.BioSeqDatabase.MysqlConnectorAdaptor 方法） execute_and_fetchall() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） execute_and_fetchall() （BioSQL.BioSeqDatabase.MysqlConnectorAdaptor 方法） execute_one() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） execute_one() （BioSQL.BioSeqDatabase.MysqlConnectorAdaptor 方法） executemany() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） executemany() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） executemany() （BioSQL.DBUtils.Sqlite_dbutils 方法） ExonerateCigarIndexer（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar 中的類） ExonerateCigarParser（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar 中的類） ExonerateTextIndexer（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text 中的類） ExonerateTextParser（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text 中的類） ExonerateVulgarIndexer（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar 中的類） ExonerateVulgarParser（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar 中的類） expert（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） explainflag（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） export_fasta() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） export_phylip() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） export_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） ExposureCN（Bio.PDB.HSExposure 中的類） extend() （Bio.Align.MultipleSeqAlignment 方法） extend() （Bio.SCOP.Raf.SeqMap 方法） extend() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） extension（Bio.SeqFeature.AfterPosition 屬性） extension（Bio.SeqFeature.BeforePosition 屬性） extension（Bio.SeqFeature.BetweenPosition 屬性） extension（Bio.SeqFeature.ExactPosition 屬性） extension（Bio.SeqFeature.OneOfPosition 屬性） extension（Bio.SeqFeature.UnknownPosition 屬性） extension（Bio.SeqFeature.WithinPosition 屬性） externalEntityRefHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） extract() （Bio.SeqFeature.CompoundLocation 方法） extract() （Bio.SeqFeature.FeatureLocation 方法） extract() （Bio.SeqFeature.SeqFeature 方法） extract()（在 Bio.PDB.Dice 模塊中） E（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） e（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） E（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） E（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） e（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） E（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） e（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性）

F

fast_bam（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） fast_bam（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性） FastaIterator（Bio.SeqIO.FastaIO 中的類） FastaM10Indexer（Bio.SearchIO.FastaIO 中的類） FastaM10Iterator()（在 Bio.AlignIO.FastaIO 模塊中） FastaM10Parser（Bio.SearchIO.FastaIO 中的類） fastaout（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） fastapair（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） fastaparttree（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） FastaTwoLineIterator（Bio.SeqIO.FastaIO 中的類） FastaTwoLineParser()（在 Bio.SeqIO.FastaIO 模塊中） FastaTwoLineWriter（Bio.SeqIO.FastaIO 中的類） FastaWriter（Bio.SeqIO.FastaIO 中的類） fasta（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） fastest（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） FastMMCIFParser（Bio.PDB.MMCIFParser 中的類） FastqGeneralIterator()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） FastqIlluminaIterator()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） FastqIlluminaWriter（Bio.SeqIO.QualityIO 中的類） FastqPhredIterator（Bio.SeqIO.QualityIO 中的類） FastqPhredWriter（Bio.SeqIO.QualityIO 中的類） FastqSolexaIterator()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） FastqSolexaWriter（Bio.SeqIO.QualityIO 中的類） FastTreeCommandline（Bio.Phylo.Applications 中的類） fa（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） FConsenseCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） FDNADistCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） FDNAParsCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） FEATURE_END_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） FEATURE_END_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） FEATURE_END_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 屬性） FEATURE_HEADER（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） FEATURE_HEADER（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 屬性） FEATURE_QUALIFIER_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） FEATURE_QUALIFIER_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） FEATURE_QUALIFIER_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 屬性） FEATURE_QUALIFIER_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） FEATURE_QUALIFIER_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） FEATURE_QUALIFIER_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 屬性） FEATURE_START_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） FEATURE_START_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） FEATURE_START_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 屬性） FeatureLocation（Bio.SeqFeature 中的類） FeatureParser（Bio.GenBank 中的類） features（BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord 屬性） FeatureTable（Bio.SwissProt 中的類） FeatureValueCleaner（Bio.GenBank.utils 中的類） Feature（Bio.GenBank.Record 中的類） feed() （Bio.ExPASy.ScanProsite.Parser 方法） feed() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） fetch_dbid_by_dbname() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_motif_by_id() （Bio.motifs.jaspar.db.JASPAR5 方法） fetch_motifs() （Bio.motifs.jaspar.db.JASPAR5 方法） fetch_motifs_by_name() （Bio.motifs.jaspar.db.JASPAR5 方法） fetch_seqid_by_accession() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_seqid_by_display_id() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_seqid_by_identifier() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_seqid_by_version() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_seqids_by_accession() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fft（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） ff（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） fgcolor（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性） fieldNames（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 屬性） fields（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 屬性） fileno() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） fileno() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） FileRecord（Bio.PopGen.GenePop.FileParser 中的類） filtering_db（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性）

filter（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） filter（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） find() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） find_any() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） find_clades() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） find_elements() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） find_start() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） find_states()（在 Bio.MarkovModel 模塊中） fit() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） fit()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模塊中） fixedbranches（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） flag_disorder() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） flag_disordered() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） flexibility() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） flush() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） fmodel（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） fmt_()（在 Bio.Blast.Record 模塊中） FNeighborCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） fn（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） fop（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） force（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） format() （Bio.Align.PairwiseAlignment 方法） format() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） format() （Bio.motifs.Motif 方法） format() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） format() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） format_alignment()（在 Bio.pairwise2 模塊中） format_output() （Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 方法） format_phylip() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceMatrix 方法） format（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） forward_algorithm() （Bio.HMM.DynamicProgramming.AbstractDPAlgorithms 方法） forward_table（Bio.Data.CodonTable.CodonTable 屬性） forwardinput（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） FProtDistCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） FProtParsCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） fracsample（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） FragmentMapper（Bio.PDB.FragmentMapper 中的類） Fragment（Bio.PDB.FragmentMapper 中的類） fragment（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） frame_shift_penalty（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） frame_shift_penalty（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） freqsfrom（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） frequencies（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） FrequencyPositionMatrix（Bio.motifs.matrix 中的類） from_clade()（Bio.Phylo.BaseTree.Tree 類方法） from_clade()（Bio.Phylo.PhyloXML.Clade 類方法） from_clade()（Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 類方法） from_hex()（Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 類方法） from_msa()（Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 類方法） from_name()（Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 類方法） from_seq()（Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 類方法） from_seqfeature()（Bio.Phylo.PhyloXML.ProteinDomain 類方法） from_seqrecord()（Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 類方法） from_string()（Bio.Phylo.NewickIO.Parser 類方法） from_string()（Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser 類方法） from_tree()（Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 類方法） FSeqBootCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） fsm（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） FTreeDistCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） full_translate() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） fullhelp（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） FuzznucCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） FuzzproCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） F（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） f（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） f（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） f（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） F（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsPhaseCommandline 屬性） f（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsTargetcutCommandline 屬性） F（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性） f（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

G

gafbyproteiniterator()（在 Bio.UniProt.GOA 模塊中） gafiterator()（在 Bio.UniProt.GOA 模塊中） gammacoefficient（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） gammacoefficient（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） gamma（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） gamma（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） gamma（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） gap_consensus() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） gap_extend（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） gap_open（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） gap_trigger（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） gap_trigger（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） gapdist（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） gapextend（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） gapextend（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） gapextend（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） gapextend（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） gapextend（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） gapextend（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） gapextend（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） gapextend（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） gapextend（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） gapextend（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） gapextend（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） gapextend（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） gapext（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） gapext（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） gapext（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） gaplimit（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） gaponly() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） gapopen（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） gapopen（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） gapopen（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） gapopen（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） gapopen（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） gapopen（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） gapopen（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） gapopen（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） gapopen（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） gapopen（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） gapopen（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） gapopen（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） gapopen（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） gapopen（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） gappenalty（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） gaprate（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） gap（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） GB_BASE_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） GB_FEATURE_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） GB_FEATURE_INTERNAL_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） GB_INTERNAL_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） GB_LINE_LENGTH（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） GB_OTHER_INTERNAL_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） GB_SEQUENCE_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） GC()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） GC123()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） gc_content（Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 屬性） gc_content（Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 屬性） GC_skew()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） gcclamp（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） gcg()（在 Bio.SeqUtils.CheckSum 模塊中） GckIterator（Bio.SeqIO.GckIO 中的類） gen_acs() （Bio.PDB.internal_coords.Edron 方法） gen_key()（Bio.PDB.internal_coords.Edron 靜態方法） genafpair（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） GENBANK_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） GENBANK_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） GenBankCdsFeatureIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的類） GenBankIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的類） GenBankScanner（Bio.GenBank.Scanner 中的類） GenBankWriter（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的類） GenePopController（Bio.PopGen.GenePop.Controller 中的類） generate_index() （Bio.SeqUtils.CodonUsage.CodonAdaptationIndex 方法） Generic_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的類） GenericPositionMatrix（Bio.motifs.matrix 中的類） genes（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） genome（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） get() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） get() （Bio.Data.CodonTable.AmbiguousForwardTable 方法） get_acgt() （Bio.motifs.xms.XMSScanner 方法） get_alignment_length() （Bio.Align.MultipleSeqAlignment 方法） get_all_entries() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_all_obsolete() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_allele_frequency() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_alleles() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_alleles_all_pops() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_aln_length() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法） get_altloc() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_amino_acids_percent() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） get_angle() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） get_anisou() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_area()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模塊中） get_array() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） get_atoms() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） get_atoms() （Bio.PDB.Model.Model 方法） get_atoms() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） get_atoms() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） get_avg_fis() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_avg_fst_pair() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_avg_fst_pair_locus() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_basic_info() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_bfactor() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_blank_emissions() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） get_blank_transitions() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） get_ca_list() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_chains() （Bio.PDB.Model.Model 方法） get_chains() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） get_charge() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_codon() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） get_codon_num() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） get_column() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） get_column() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） get_coord() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_coords() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） get_data() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） get_dbutils()（在 BioSQL.DBUtils 模塊中） get_distance() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 方法） get_dn_ds_matrix() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法） get_dn_ds_tree() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法） get_f_stats() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_fis() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_full_id() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_full_id() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_full_rf_table() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） get_fullname() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_genotype_count() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_header() （Bio.PDB.PDBParser.PDBParser 方法） get_heterozygosity_info() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_id() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） get_id() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_id() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） get_id() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_id() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） get_indiv()（在 Bio.PopGen.GenePop 模塊中） get_indiv()（在 Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 模塊中） get_individual() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） get_init_rms() （Bio.PDB.QCPSuperimposer.QCPSuperimposer 方法） get_init_rms() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） get_iterator() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_iterator() （Bio.PDB.StructureAlignment.StructureAlignment 方法）

get_KGML() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） get_length() （Bio.PDB.internal_coords.Hedron 方法） get_length() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） get_level() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_level() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_list() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_maps() （Bio.PDB.StructureAlignment.StructureAlignment 方法） get_markov_model() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） get_models() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） get_multilocus_f_stats() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） get_name() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_nonterminals() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） get_occupancy() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_original_taxon_order() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） get_parent() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_parent() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） get_parent() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_path() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） get_phi_psi_list() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_prev() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） get_prodoc_entry()（在 Bio.ExPASy 模塊中） get_property_value() （Bio.motifs.xms.XMSScanner 方法） get_prosite_entry()（在 Bio.ExPASy 模塊中） get_prosite_raw()（在 Bio.ExPASy 模塊中） get_qresult_id() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar.ExonerateCigarIndexer 方法） get_qresult_id() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextIndexer 方法） get_qresult_id() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarIndexer 方法） get_radius() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_raw() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.BlatIO.BlatPslIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.FastaIO.FastaM10Indexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabIndexer 方法） get_recent_changes() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_residue() （Bio.Align.AlignInfo.PSSM 方法） get_residues() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） get_residues() （Bio.PDB.Model.Model 方法） get_residues() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） get_resname() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） get_resname_list() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） get_rms() （Bio.PDB.QCPSuperimposer.QCPSuperimposer 方法） get_rms() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） get_rotran() （Bio.PDB.QCPSuperimposer.QCPSuperimposer 方法） get_rotran() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） get_row() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） get_score() （Bio.Phylo.TreeConstruction.ParsimonyScorer 方法） get_score() （Bio.Phylo.TreeConstruction.Scorer 方法） get_segid() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） get_seq() （Bio.PDB.PSEA.PSEA 方法） get_Seq_by_acc() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） get_Seq_by_id() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） get_Seq_by_ver() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） get_seqres_file() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_Seqs_by_acc() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） get_sequence() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_serial_number() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_sigatm() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_signals() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） get_siguij() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_spherical_coordinates()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） get_spliced() （Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex 方法） get_sprot_raw()（在 Bio.ExPASy 模塊中） get_start_end()（在 Bio.Nexus.Nexus 模塊中） get_startpos() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） get_status_list()（Bio.PDB.PDBList.PDBList 靜態方法） get_structure() （Bio.PDB.MMCIFParser.FastMMCIFParser 方法） get_structure() （Bio.PDB.MMCIFParser.MMCIFParser 方法） get_structure() （Bio.PDB.PDBParser.PDBParser 方法） get_structure() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） get_subseq_as_string() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） get_succ() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） get_support()（在 Bio.Phylo.Consensus 模塊中） get_surface()（在 Bio.PDB.ResidueDepth 模塊中） get_tau_list() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_taxa() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） get_terminals() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） get_terminals() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） get_text() （Bio.motifs.xms.XMSScanner 方法） get_theta_list() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_times() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） get_trailer() （Bio.PDB.PDBParser.PDBParser 方法） get_transformed() （Bio.PDB.QCPSuperimposer.QCPSuperimposer 方法） get_transformed() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） get_unique_parents()（在 Bio.PDB.Selection 模塊中） get_unpacked_list() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） get_unpacked_list() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） get_vector() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） getAscendent() （Bio.SCOP.Node 方法） getAscendentFromSQL() （Bio.SCOP.Scop 方法） getAstralDomainsFromFile() （Bio.SCOP.Astral 方法） getAstralDomainsFromSQL() （Bio.SCOP.Astral 方法） getAtoms() （Bio.SCOP.Raf.SeqMap 方法） getChildren() （Bio.SCOP.Node 方法） getDescendents() （Bio.SCOP.Node 方法） getDescendentsFromSQL() （Bio.SCOP.Scop 方法） getDomainBySid() （Bio.SCOP.Scop 方法） getDomainFromSQL() （Bio.SCOP.Scop 方法） getDomains() （Bio.SCOP.Scop 方法） getNodeBySunid() （Bio.SCOP.Scop 方法） getParent() （Bio.SCOP.Node 方法） getRoot() （Bio.SCOP.Scop 方法） getSeq() （Bio.SCOP.Astral 方法） getSeqBySid() （Bio.SCOP.Astral 方法） getSeqMap() （Bio.SCOP.Raf.SeqMapIndex 方法） gi_mask_name（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） gi_mask（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） gilist（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） global_dtd_dir（Bio.Entrez.Parser.DataHandler 屬性） global_xsd_dir（Bio.Entrez.Parser.DataHandler 屬性） globalpair（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） gly_Cbeta（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 屬性） gompertz()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模塊中） good_bases（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） gpa_iterator()（在 Bio.UniProt.GOA 模塊中） gpi_iterator()（在 Bio.UniProt.GOA 模塊中） Graphics（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的類） Graph（Bio.Pathway.Rep.Graph 中的類） gravy() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） green() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） grouping_constraint（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） groupsize（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） group（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） gtrfreq（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） gtrrates（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） gtr（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） guess_lag()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模塊中） guess_plateau()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模塊中） guidetree_in（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） guidetree_out（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） g（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性）

H

handle_motif() （Bio.motifs.xms.XMSScanner 方法） handleMissingDocumentDefinition() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） has_id() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） has_id() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） has_support() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） hash_index（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） hashedDomainsByEv() （Bio.SCOP.Astral 方法） hashedDomainsById() （Bio.SCOP.Astral 方法） HEADER_WIDTH（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） HEADER_WIDTH（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） HEADER_WIDTH（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 屬性） HEADER_WIDTH（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） HEADER_WIDTH（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 屬性） HEADER_WIDTH（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 屬性） Header（Bio.Blast.Record 中的類） header（Bio.Wise.dnal.Statistics 屬性） HedronMatchError Hedron（Bio.PDB.internal_coords 中的類） height（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性） helixendin（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） helixendout（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） helixgap（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） help（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） help（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） help（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） help（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） help（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性）

hgapresidues（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） Hhsuite2TextParser（Bio.SearchIO.HHsuiteIO.hhsuite2_text 中的類） HiddenMarkovModel（Bio.HMM.MarkovModel 中的類） hit_coverage() （Bio.Compass.Record 方法） hmm_as_hit（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitParser 屬性） hmm_as_hit（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter 屬性） hmm_as_hit（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryParser 屬性） hmm_as_hit（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryWriter 屬性） hmm_input（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） Hmmer2TextIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text 中的類） Hmmer2TextParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text 中的類） Hmmer3DomtabHmmhitIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的類） Hmmer3DomtabHmmhitParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的類） Hmmer3DomtabHmmhitWriter（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的類） Hmmer3DomtabHmmqueryIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的類） Hmmer3DomtabHmmqueryParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的類） Hmmer3DomtabHmmqueryWriter（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的類） Hmmer3TabIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 中的類） Hmmer3TabParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 中的類） Hmmer3TabWriter（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 中的類） Hmmer3TextIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text 中的類） Hmmer3TextParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text 中的類） homog_rot_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） homog_scale_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） homog_trans_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） homopolymer（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） HSExposureCA（Bio.PDB.HSExposure 中的類） HSExposureCB（Bio.PDB.HSExposure 中的類） HSP（Bio.Blast.Record 中的類） htmlout（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） html（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） html（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） hybridprobe（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） hydrofactor（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） hydro（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） h（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） H（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） h（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCatCommandline 屬性） h（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） h（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） H（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性） h（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

I

IC_Chain（Bio.PDB.internal_coords 中的類） IC_duplicate()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模塊中） IC_Residue（Bio.PDB.internal_coords 中的類） icode（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey.fieldsDef 屬性） id() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） id() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） id_width（Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipIterator 屬性） identity_fraction() （Bio.Wise.dnal.Statistics 方法） identity_match（Bio.pairwise2 中的類） id（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component 屬性） id（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 屬性） id（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 屬性） id（Bio.PDB.Entity.Entity 屬性） Id（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） IepCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） IgIterator（Bio.SeqIO.IgIO 中的類） ignore_msa_master（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） illumina_13（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） ImgtIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的類） ImgtWriter（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的類） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） import_search_strategy（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） in1（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） in2（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） in_bam（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsPhaseCommandline 屬性） in_bam（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsTargetcutCommandline 屬性） in_msa（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） in_pssm（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） in_pssm（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） includedregion（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） inclusion_ethresh（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） inclusion_ethresh（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） Indent（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 屬性） index() （Bio.SCOP.Raf.SeqMap 方法） index() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） index()（在 Bio.SearchIO 模塊中） index()（在 Bio.SeqIO 模塊中） index_db()（在 Bio.SearchIO 模塊中） index_db()（在 Bio.SeqIO 模塊中） index_name（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） index_to_one()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模塊中） index_to_three()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模塊中） Index（Bio.SCOP.Cla 中的類） infile（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） infile（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） infile（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） infile（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） infile（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） infile（Bio.Sequencing.Applications.BwaIndexCommandline 屬性） infmt（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） information_content() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） init_atom() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_atom_coords() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） init_chain() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_edra() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） init_model() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_residue() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_seg() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_structure() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） input1（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） input_bam（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） input_bam（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsIdxstatsCommandline 屬性） input_bam（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsIndexCommandline 屬性） input_file（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） input_file（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsFixmateCommandline 屬性） input_file（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） input_file（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsRmdupCommandline 屬性） input_file（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性） input_tree（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） input_type（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） inputorder（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） InputRecord（Bio.Emboss.PrimerSearch 中的類） input（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） input（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） input（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） input（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） input（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） input（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） input（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion0xSortCommandline 屬性）

input（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion1xSortCommandline 屬性） InsdcScanner（Bio.GenBank.Scanner 中的類） insert() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） insert() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） insert_gap() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） instability_index() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） Instances（Bio.motifs 中的類） Instance（Bio.motifs.meme 中的類） IntegerElement（Bio.Entrez.Parser 中的類） integers（Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 屬性） interactions() （Bio.Pathway.Network 方法） Interaction（Bio.Pathway 中的類） INTERNAL_FEATURE_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） INTERNAL_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） internal_to_atom_coordinates() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） internal_to_atom_coordinates() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） internal_to_atom_coordinates() （Bio.PDB.Model.Model 方法） internal_to_atom_coordinates() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） InterproscanXmlParser（Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml 中的類） intree1（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） intreefile（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） intreefile（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） intreefile（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） intreefile（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） intree（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） intronpenalty（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） invarcoefficient（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） invarfrac（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） invert() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） ir（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） is_aa()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模塊中） is_backbone() （Bio.PDB.internal_coords.Edron 方法） is_bifurcating() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_bifurcating() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） is_compatible() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_disordered() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） is_disordered() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） is_disordered() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） is_identical() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_internal() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_monophyletic() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_monophyletic() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） is_parent_of() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） is_parent_of() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） is_preterminal() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_preterminal() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） is_reactant（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 屬性） is_terminal() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_terminal() （Bio.Phylo.BaseTree.Clade 方法） is_terminal() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） isatty() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） isatty() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） isDomainInEv() （Bio.SCOP.Astral 方法） isDomainInId() （Bio.SCOP.Astral 方法） isoelectric_point() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） IsoelectricPoint（Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint 中的類） isprofile（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） itemindex()（在 Bio.MarkovModel 模塊中） items() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） items() （Bio.Phylo.PhyloXML.Events 方法） items() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） items() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） iterate() （Bio.SeqIO.AbiIO.AbiIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.FastaIO.FastaIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.FastaIO.FastaTwoLineIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.IgIO.IgIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.NibIO.NibIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.PdbIO.PdbSeqresIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.PirIO.PirIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.QualityIO.FastqPhredIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.QualityIO.QualPhredIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.SffIO.SffIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.SnapGeneIO.SnapGeneIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.TabIO.TabIterator 方法） iterate() （Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaIterator 方法） iterations（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） iteration（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） iterative_refinement（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） Iterator（Bio.GenBank 中的類） iw（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） I（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） i（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） I（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） i（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsTargetcutCommandline 屬性） I（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion1xSortCommandline 屬性）

J

JASPAR5（Bio.motifs.jaspar.db 中的類） join() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） JsonIterator()（在 Bio.phenotype.phen_micro 模塊中）

JsonWriter（Bio.phenotype.phen_micro 中的類） jtt（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） jumble（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） jusweights（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性）

K

kappa（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） kcluster() （Bio.Cluster.Record 方法） kcluster()（在 Bio.Cluster 模塊中） kegg_conv()（在 Bio.KEGG.REST 模塊中） kegg_find()（在 Bio.KEGG.REST 模塊中） kegg_get()（在 Bio.KEGG.REST 模塊中） kegg_info()（在 Bio.KEGG.REST 模塊中） kegg_link()（在 Bio.KEGG.REST 模塊中） kegg_list()（在 Bio.KEGG.REST 模塊中） keys() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） keys() （Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractPropertyMap 方法） keys() （Bio.Phylo.PhyloXML.Events 方法） keys() （Bio.SeqIO.TwoBitIO.TwoBitIterator 方法）

keys() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） keys() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） keys_to_process（Bio.GenBank.utils.FeatureValueCleaner 屬性） KGMLParser（Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 中的類） kill() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） kimura（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） kmedoids()（在 Bio.Cluster 模塊中） kNN（Bio.kNN 中的類） KnownStateTrainer（Bio.HMM.Trainer 中的類） ktuple（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） k（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） k（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） k（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsPhaseCommandline 屬性）

L

labels() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） labels() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） ladderize() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） last_id() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） last_id() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） last_id() （BioSQL.DBUtils.Mysql_dbutils 方法） lat() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） lcase_masking（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） lcc_mult()（在 Bio.SeqUtils.lcc 模塊中） lcc_simp()（在 Bio.SeqUtils.lcc 模塊中） left_multiply() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） len12（Bio.PDB.internal_coords.Hedron 屬性） len23（Bio.PDB.internal_coords.Hedron 屬性） lep（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） letter_annotations（Bio.SeqRecord.SeqRecord 屬性） LETTERS_PER_BLOCK（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） LETTERS_PER_LINE（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） LETTERS_PER_LINE（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 屬性） LEXP（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） lexp（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） le（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） lgs_t（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） lgs（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） line_length（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） linesize（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 屬性） link() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） link_dihedra() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） link_residues() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） list_ambiguous_codons()（在 Bio.Data.CodonTable 模塊中） list_any_ids() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法）

list_biodatabase_names() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） list_bioentry_display_ids() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） list_bioentry_ids() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） list_possible_proteins()（在 Bio.Data.CodonTable 模塊中） ListElement（Bio.Entrez.Parser 中的類） lmax（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） load() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） load()（在 Bio.Align.substitution_matrices 模塊中） load()（在 Bio.MarkovModel 模塊中） load_database_sql() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） load_PIC() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） load_seqrecord() （BioSQL.Loader.DatabaseLoader 方法） local_dtd_dir（Bio.Entrez.Parser.DataHandler 屬性） local_xsd_dir（Bio.Entrez.Parser.DataHandler 屬性） localpair（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） location() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） location_operator（Bio.SeqFeature.SeqFeature 屬性） LocationParserError log_likelihood() （Bio.HMM.Trainer.AbstractTrainer 方法） log_odds() （Bio.motifs.matrix.PositionWeightMatrix 方法） loga（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） LogDPAlgorithms（Bio.HMM.DynamicProgramming 中的類） logfile（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） logistic()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模塊中） LogisticRegression（Bio.LogisticRegression 中的類） log（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） log（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） log（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） long() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） long_version（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） longseq（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） lookup() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） loopgap（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） LOP（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） lop（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） losses() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） lower() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） lower() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） lower() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） lower（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） lo（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） lstrip() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） lysinemodified（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） l（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） L（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） L（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） l（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） l（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

M

m2rotaxis()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） MafftCommandline（Bio.Align.Applications 中的類） MafIndex（Bio.AlignIO.MafIO 中的類） MafIterator()（在 Bio.AlignIO.MafIO 模塊中） MafWriter（Bio.AlignIO.MafIO 中的類） main()（在 Bio.Wise 模塊中） main()（在 Bio.Wise.dnal 模塊中） main()（在 Bio.Wise.psw 模塊中） majority_consensus()（在 Bio.Phylo.Consensus 模塊中） make_back_table()（在 Bio.Data.CodonTable 模塊中） make_dssp_dict()（在 Bio.PDB.DSSP 模塊中） make_format() （Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 方法） make_table()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模塊中） make_virtual_offset()（在 Bio.bgzf 模塊中） makematrix（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） map() （Bio.Align.PairwiseAlignment 方法） maps（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） MarkovModelBuilder（Bio.HMM.MarkovModel 中的類） MarkovModel（Bio.MarkovModel 中的類） mask_data（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） mask_desc（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） mask_id（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） mask（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） mask（Bio.motifs.Motif 屬性） mat_thr（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） matches()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模塊中） match（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） match（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） mate_file（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） matinitsize（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） matresize（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） matrixtype（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） matrix（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） matrix（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） matrix（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） matrix（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） matrix（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） matrix（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） matrix（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） matrix（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） matrix（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） matrix（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） mat（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） MauveIterator（Bio.AlignIO.MauveIO 中的類） MauveWriter（Bio.AlignIO.MauveIO 中的類） max_file_sz（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） max_guidetree_iterations（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） max_hmm_iterations（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） max_hsps_per_subject（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） max_hsps（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） max_intron_length（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） max_intron_length（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） max_intron_length（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） max_link（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） max_target_seqs（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） maxbranches（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） maxdiagbreak（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） maxdifftm（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） maxdiv（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） MaxEntropy（Bio.MaxEntropy 中的類） maxgc（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） maxhours（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） maximum() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） maxiterate（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） maxiters（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） maxmispriming（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） maxnumseq（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） maxpallen（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） MaxPeptideBond（Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 屬性）

maxpolyx（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） maxrepeat（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） maxrepeat（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） maxseqlen（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） maxseqlen（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） maxsize（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） MaxSize（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 屬性） maxtm（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） maxtrees（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） maxtrees（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） max（Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 屬性） ma（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） mean() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） memsave（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） merge_with_support() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） methods（Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 屬性） method（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） method（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） method（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） min_dist()（在 Bio.PDB.ResidueDepth 模塊中） min_link（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） min_raw_gapped_score（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） minbestcolscore（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） mingc（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） minimum() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） minpallen（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） minrepeat（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） minscore（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） minscore（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） minsize（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） minsmoothscore（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） mintm（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） min（Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 屬性） miRNA（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） mishyblibraryfile（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） mismatchpercent（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） mismatch（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） mismatch（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） mismatch（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） mispriminglibraryfile（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） MissingAtomError MissingExternalDependencyError MissingPythonDependencyError mktest()（在 Bio.codonalign.codonalignment 模塊中） ml_estimator() （Bio.HMM.Trainer.AbstractTrainer 方法） mlacc（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） mlfrac（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） mllen（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） mlnni（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） MMCIF2Dict（Bio.PDB.MMCIF2Dict 中的類） MMCIFIO（Bio.PDB.mmcifio 中的類） MMCIFParser（Bio.PDB.MMCIFParser 中的類） models（Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 屬性） Model（Bio.PDB.Model 中的類） model（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） model（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） mode（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） mode（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） modify() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） mol_seq() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） mol_seq() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） molar_extinction_coefficient() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） molecular_weight() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） molecular_weight()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） MolSeq（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） Motif（Bio.motifs 中的類） Motif（Bio.motifs.jaspar 中的類） Motif（Bio.motifs.meme 中的類） Motif（Bio.motifs.transfac 中的類） mot（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） msa_master_idx（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） MSAProbsCommandline（Bio.Align.Applications 中的類） MsfIterator（Bio.AlignIO.MsfIO 中的類） msfout（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） msf（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） msf（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） mttranslate（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） multi_rot_Y()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） multi_rot_Z()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） MultiGraph（Bio.Pathway.Rep.MultiGraph 中的類） multiple_value_keys（Bio.motifs.transfac.Motif 屬性） MultipleAlignment（Bio.Blast.Record 中的類） MultipleSeqAlignment（Bio.Align 中的類） multiple（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） MuscleCommandline（Bio.Align.Applications 中的類） MutableSeq（Bio.Seq 中的類） Mysql_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的類） MysqlConnectorAdaptor（BioSQL.BioSeqDatabase 中的類） m（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） M（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） M（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） M（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） m（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion0xSortCommandline 屬性） m（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion1xSortCommandline 屬性）

N

n_rand_starts（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） NACCESS_atomic（Bio.PDB.NACCESS 中的類） NACCESS（Bio.PDB.NACCESS 中的類） NaiveBayes（Bio.NaiveBayes 中的類） name() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） namelength（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） NameWidth（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 屬性） name（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 屬性） name（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） name（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 屬性） name（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） ncategories（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） ncategories（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） NcbiblastformatterCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbiblastnCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbiblastpCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbiblastxCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NCBICodonTableDNA（Bio.Data.CodonTable 中的類） NCBICodonTableRNA（Bio.Data.CodonTable 中的類） NCBICodonTable（Bio.Data.CodonTable 中的類） NcbideltablastCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbimakeblastdbCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbipsiblastCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbirpsblastCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbirpstblastnCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbitblastnCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） NcbitblastxCommandline（Bio.Blast.Applications 中的類） nclasses（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） NeedleallCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） NeedleCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） negative_gilist（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） negative_seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） negative（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） NeighborSearch（Bio.PDB.NeighborSearch 中的類） Network（Bio.Pathway 中的類） new_clade() （Bio.Phylo.NewickIO.Parser 方法） new_database() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） new_label() （Bio.Phylo.NeXMLIO.Writer 方法） NewickError newtree1（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） newtree2（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） newtree（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） NeXMLError next_nonwhitespace() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） next_until() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） next_word() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） NexusError, [1] NexusIterator()（在 Bio.AlignIO.NexusIO 模塊中） NexusWriter（Bio.AlignIO.NexusIO 中的類） Nexus（Bio.Nexus.Nexus 中的類） NibIterator（Bio.SeqIO.NibIO 中的類） NibWriter（Bio.SeqIO.NibIO 中的類） nj() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 方法） njumble（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） njumble（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） nj（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） NNITreeSearcher（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） nni（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） no2nd（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） no_greedy（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） noanchors（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） nobrief（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） nobrief（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） nobrief（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） nocat（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） nocore（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） node() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） node_id() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） NodeData（Bio.Nexus.Trees 中的類） NodeException nodes() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） nodes() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） Node（Bio.Cluster 中的類） Node（Bio.Nexus.Nodes 中的類）

Node（Bio.SCOP 中的類） nofft（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） nofuzzy_end（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 屬性） nofuzzy_end（Bio.SeqFeature.FeatureLocation 屬性） nofuzzy_start（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 屬性） nofuzzy_start（Bio.SeqFeature.FeatureLocation 屬性） nohgap（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） nomatrix（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） nome（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） noml（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） NoneElement（Bio.Entrez.Parser 中的類） nopgap（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） nopost（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） nopr（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） norm() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） normalize() （Bio.motifs.matrix.FrequencyPositionMatrix 方法） normalize() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） normalize_letters()（在 Bio.SCOP.Raf 模塊中） normalized() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） normsq() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） noroot（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） noscore（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） nosecstr1（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） nosecstr2（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） nosupport（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） notermini（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） notop（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） notree（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） NotXMLError NovoalignCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） noweights（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） noxml（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） nt_search()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） nta（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） nt（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） nt（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） nucleotide_alphabet（Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTable 屬性） nucleotide_alphabet（Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableDNA 屬性） nucleotide_alphabet（Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableRNA 屬性） nuc（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） num_alignments（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） num_bootstrap_searches（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） num_categories（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） num_descriptions（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） num_iterations（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） num_iterations（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） num_replicates（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） num_threads（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） number（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） numiter（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） nummismatches（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） numreturn（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） numthreads（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） n（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） n（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） N（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） n（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） N（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） N（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） n（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） n（Bio.Sequencing.Applications.BwaSamseCommandline 屬性） n（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） n（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion0xSortCommandline 屬性） n（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion1xSortCommandline 屬性）

O

oanyself（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） objscore（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） occ（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey.fieldsDef 屬性） odnaconc（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） oendself（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） oexcludedregion（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） off_diagonal_range（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） ogcmax（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） ogcmin（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） ogcopt（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） ogcpercent（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） ok_applies_to（Bio.Phylo.PhyloXML.Property 屬性） ok_datatype（Bio.Phylo.PhyloXML.Property 屬性） ok_rank（Bio.Phylo.PhyloXML.Taxonomy 屬性） ok_type（Bio.Phylo.PhyloXML.Events 屬性） ok_type（Bio.Phylo.PhyloXML.SequenceRelation 屬性） oligoinput（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） omaxsize（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） ominsize（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） omishybmax（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） once（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） one_to_index()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模塊中） one_to_three()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模塊中） OneOfPosition（Bio.SeqFeature 中的類） open()（在 Bio.bgzf 模塊中） open_database()（在 BioSQL.BioSeqDatabase 模塊中） open_dtd_file() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） open_xsd_file() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） opolyxmax（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） optimize（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） options（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） options（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） opttm（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） op（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） original_taxon_order（Bio.Nexus.Nexus.Nexus 屬性） orthologs（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） osaltconc（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） osformat（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） osizeopt（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） osize（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） other() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） other() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） OTHER_INTERNAL_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） Other（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） otmmax（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） otmmin（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） otmopt（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） otm（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） out_ascii_pssm（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） out_ascii_pssm（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） out_block()（在 Bio.Geo.Record 模塊中） out_prefix（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion0xSortCommandline 屬性） out_pssm（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） out_pssm（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） outfile（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） outfile（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） outfile（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） outfile（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性）

outfile（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） outfile（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） outfmt（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） outfmt（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） outgrno（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） outgrno（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） outgrno（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） outgrno（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） outgrno（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） outgroup（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） outorder（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） outorder（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） output_file（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsFixmateCommandline 屬性） output_file（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsRmdupCommandline 屬性） outputorder（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） OutputRecord（Bio.Emboss.PrimerSearch 中的類） outputtree（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） output（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） output（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） output（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） outseq（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） outseq（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） outtreefile（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） outtreefile（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） outtreefile（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） outtreefile（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） out（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） out（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） out（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） overlap（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） ow（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） o（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） o（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） O（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） o（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） O（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） o（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） o（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCatCommandline 屬性） o（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） o（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion0xSortCommandline 屬性） O（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion1xSortCommandline 屬性） o（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion1xSortCommandline 屬性） o（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

P

PairedFastaQualIterator()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） pairgap（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） pairing（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） pairs（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） PairwiseAligner（Bio.Align 中的類） PairwiseAlignments（Bio.Align 中的類） PairwiseAlignment（Bio.Align 中的類） PalindromeCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） parameters（Bio.Application.AbstractCommandline 屬性） Parameters（Bio.Blast.Record 中的類） paramfile（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） parent_edges() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） parent_edges() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） parents() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） parents() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） parse() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） parse() （Bio.GenBank.FeatureParser 方法） parse() （Bio.GenBank.RecordParser 方法） parse() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse() （Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.KGMLParser 方法） parse() （Bio.Phylo.NewickIO.Parser 方法） parse() （Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser 方法） parse() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） parse() （Bio.SeqIO.AbiIO.AbiIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.FastaIO.FastaIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.FastaIO.FastaTwoLineIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.GckIO.GckIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.IgIO.IgIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblCdsFeatureIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankCdsFeatureIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.NibIO.NibIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.PdbIO.PdbSeqresIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.PirIO.PirIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.QualityIO.FastqPhredIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.QualityIO.QualPhredIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.SffIO.SffIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.SnapGeneIO.SnapGeneIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.TabIO.TabIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.TwoBitIO.TwoBitIterator 方法） parse() （Bio.SeqIO.UniprotIO.Parser 方法） parse() （Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaIterator 方法） parse()（在 Bio.AlignIO 模塊中） parse()（在 Bio.Blast.NCBIXML 模塊中） parse()（在 Bio.Compass 模塊中） parse()（在 Bio.Emboss.Primer3 模塊中） parse()（在 Bio.Entrez 模塊中） parse()（在 Bio.ExPASy.cellosaurus 模塊中） parse()（在 Bio.ExPASy.Enzyme 模塊中） parse()（在 Bio.ExPASy.Prodoc 模塊中） parse()（在 Bio.ExPASy.Prosite 模塊中） parse()（在 Bio.GenBank 模塊中） parse()（在 Bio.Geo 模塊中） parse()（在 Bio.KEGG.Compound 模塊中） parse()（在 Bio.KEGG.Enzyme 模塊中） parse()（在 Bio.KEGG.Gene 模塊中） parse()（在 Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 模塊中） parse()（在 Bio.KEGG.Map 模塊中） parse()（在 Bio.Medline 模塊中） parse()（在 Bio.motifs 模塊中） parse()（在 Bio.phenotype 模塊中） parse()（在 Bio.Phylo.NewickIO 模塊中） parse()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模塊中） parse()（在 Bio.Phylo.NexusIO 模塊中） parse()（在 Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模塊中） parse()（在 Bio.SCOP.Cla 模塊中） parse()（在 Bio.SCOP.Des 模塊中） parse()（在 Bio.SCOP.Dom 模塊中） parse()（在 Bio.SCOP.Hie 模塊中） parse()（在 Bio.SCOP.Raf 模塊中） parse()（在 Bio.SearchIO 模塊中） parse()（在 Bio.SeqIO 模塊中） parse()（在 Bio.Sequencing.Ace 模塊中） parse()（在 Bio.Sequencing.Phd 模塊中） parse()（在 Bio.SwissProt 模塊中） parse()（在 Bio.SwissProt.KeyWList 模塊中） parse()（在 Bio.UniGene 模塊中） parse()（在 Bio.Wise.psw 模塊中） parse_alignment_block() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar.ExonerateCigarParser 方法） parse_alignment_block() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextParser 方法） parse_alignment_block() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarParser 方法） parse_cds_features() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） parse_deflines（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） parse_domain()（在 Bio.SCOP 模塊中） parse_feature() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_features() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_footer() （Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 方法） parse_footer() （Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 方法） parse_footer() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_header() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_hits() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_hsp_alignments() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_hsps() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_key_value() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_line()（在 Bio.Wise.psw 模塊中） parse_pdb_header()（在 Bio.PDB.parse_pdb_header 模塊中） parse_preamble() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_qresult() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_records() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_seqids（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） parse_xsd() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） ParserError ParserFailureError Parser（Bio.ExPASy.ScanProsite 中的類） Parser（Bio.Phylo.NewickIO 中的類） Parser（Bio.Phylo.NeXMLIO 中的類） Parser（Bio.Phylo.PhyloXMLIO 中的類） Parser（Bio.SeqIO.UniprotIO 中的類） parsimony_seed（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） ParsimonyScorer（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） ParsimonyTreeConstructor（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） parsimony（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） pars（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） partition_branch_lengths（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） partition_filename（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） partsize（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） parts（Bio.SeqFeature.FeatureLocation 屬性） parttree（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） Pathway（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的類） pattern（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） pattern（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） pca()（在 Bio.Cluster 模塊中） pcb_vectors_pymol() （Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCA 方法） pdb_date()（在 Bio.PDB.PICIO 模塊中） PDB_REF（Bio.PDB.PDBList.PDBList 屬性） PdbAtomIterator()（在 Bio.SeqIO.PdbIO 模塊中） PDBConstructionException PDBConstructionWarning

PDBException PDBIO（Bio.PDB.PDBIO 中的類） PDBList（Bio.PDB.PDBList 中的類） PDBParser（Bio.PDB.PDBParser 中的類） PdbSeqresIterator（Bio.SeqIO.PdbIO 中的類） Peaklist（Bio.NMR.xpktools 中的類） peek() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） peek_nonwhitespace() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） peek_word() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） penalty（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） perc_identity（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） percentid（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） pfam_gc_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmIterator 屬性） pfam_gc_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmWriter 屬性） pfam_gr_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmIterator 屬性） pfam_gr_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmWriter 屬性） pfam_gs_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmIterator 屬性） pfam_gs_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmWriter 屬性） Pgdb_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的類） PhdIterator()（在 Bio.SeqIO.PhdIO 模塊中） PhdWriter（Bio.SeqIO.PhdIO 中的類） phi_pattern（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） phred_quality_from_solexa()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） phyiout（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） phyi（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） PhylipIterator（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的類） phylipout（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） PhylipWriter（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的類） PhyloElement（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） phylogeny() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Phylogeny（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） phyloxml() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） PhyloXMLError PhyloXMLWarning Phyloxml（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） PhymlCommandline（Bio.Phylo.Applications 中的類） physout（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） phys（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） pi() （Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint.IsoelectricPoint 方法） pick_angle() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） pick_length() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） pim（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） PirIterator（Bio.SeqIO.PirIO 中的類） PirWriter（Bio.SeqIO.PirIO 中的類） PlateRecord（Bio.phenotype.phen_micro 中的類） pmismatch（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） pmismatch（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） point() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） point() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Point（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） polygon() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） polygon() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Polygon（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） Polypeptide（Bio.PDB.Polypeptide 中的類） pop() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） pos_specific_score_matrix() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） POSITION_PADDING（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） PositionGap（Bio.SeqFeature 中的類） PositionSpecificScoringMatrix（Bio.motifs.matrix 中的類） PositionWeightMatrix（Bio.motifs.matrix 中的類） position（Bio.SeqFeature.AfterPosition 屬性） position（Bio.SeqFeature.BeforePosition 屬性） position（Bio.SeqFeature.BetweenPosition 屬性） position（Bio.SeqFeature.ExactPosition 屬性） position（Bio.SeqFeature.OneOfPosition 屬性） position（Bio.SeqFeature.UnknownPosition 屬性） position（Bio.SeqFeature.WithinPosition 屬性） PPBuilder（Bio.PDB.Polypeptide 中的類） prange（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） PrankCommandline（Bio.Align.Applications 中的類） predictNOE()（在 Bio.NMR.NOEtools 模塊中） prefix（Bio.Sequencing.Applications.BwaIndexCommandline 屬性） PrefWidth（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 屬性） pretty_print_prediction()（在 Bio.HMM.Utilities 模塊中） pretty_str() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） pre（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） Primer3Commandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） PrimerSearchCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） Primers（Bio.Emboss.Primer3 中的類） print_as() （Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 方法） print_index() （Bio.SeqUtils.CodonUsage.CodonAdaptationIndex 方法） print_info_content()（在 Bio.Align.AlignInfo 模塊中） print_matrix()（在 Bio.pairwise2 模塊中） print_options() （Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml 方法） print_site_lnl（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） print_that() （Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 方法） print_trace（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） PrintFormat（Bio.Restriction.PrintFormat 中的類） printnodes（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） ProbconsCommandline（Bio.Align.Applications 中的類） process_asa_data()（在 Bio.PDB.NACCESS 模塊中） process_clade() （Bio.Phylo.NewickIO.Parser 方法） process_rsa_data()（在 Bio.PDB.NACCESS 模塊中） products（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 屬性） profile1（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） profile1（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） profile2（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） profile2（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） profile（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） profile（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） progress（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） prop_invar（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） property() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） property() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Property（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） protein_alphabet（Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTable 屬性） protein_models（Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 屬性） protein_model（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） protein_scale() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） ProteinAnalysis（Bio.SeqUtils.ProtParam 中的類） ProteinDomain（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） ProtsimLine（Bio.UniGene 中的類） prune() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） prune() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） psea()（在 Bio.PDB.PSEA 模塊中） psea2HEC()（在 Bio.PDB.PSEA 模塊中） PSEA（Bio.PDB.PSEA 中的類） pseudocounts（Bio.motifs.Motif 屬性） pseudocount（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） pseudocount（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） pseudo（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） PSIBlast（Bio.Blast.Record 中的類） psizeopt（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） PSSM（Bio.Align.AlignInfo 中的類） pssm（Bio.motifs.Motif 屬性） pst（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） Psycopg2_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的類） ptmmax（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） ptmmin（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） ptmopt（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） push_back() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） pwdist（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） pwdnamatrix（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） pwgapext（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） pwgapopen（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） pwgenomicdist（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） pwgenomic（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） pwmatrix（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） pwm（Bio.motifs.Motif 屬性） P（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） p（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） p（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性）

Q

qa（Bio.Sequencing.Ace 中的類） qblast()（在 Bio.Blast.NCBIWWW 模塊中） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） qcov_hsp_perc（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） QCPSuperimposer（Bio.PDB.QCPSuperimposer 中的類） qend_mark（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer 屬性） qresult_end（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextIndexer 屬性） qresult_end（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text.Hmmer3TextIndexer 屬性） qresult_start（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextIndexer 屬性） qresult_start（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text.Hmmer3TextIndexer 屬性） qstart_mark（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer 屬性） qual_digits（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） QUALIFIER_INDENT_STR（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） QUALIFIER_INDENT_STR（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 屬性） QUALIFIER_INDENT_TMP（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） QUALIFIER_INDENT_TMP（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 屬性） QUALIFIER_INDENT（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 屬性） QUALIFIER_INDENT（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 屬性） QUALIFIER_INDENT（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 屬性） Qualifier（Bio.GenBank.Record 中的類） quality（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） QualPhredIterator（Bio.SeqIO.QualityIO 中的類） QualPhredWriter（Bio.SeqIO.QualityIO 中的類） query_coverage() （Bio.Compass.Record 方法） query_gencode（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） query_gencode（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） query_gencode（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性）

query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） query_loc（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） query（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） quicktree（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） quiet（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） quiet（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） quiet（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） quiet（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） quiet（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） quiet（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） quiet（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） quotestrip()（在 Bio.Nexus.Nexus 模塊中） quote（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） qUri()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模塊中） q（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） q（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） Q（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） q（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） Q（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsPhaseCommandline 屬性） q（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsPhaseCommandline 屬性） Q（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsTargetcutCommandline 屬性） q（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

R

r_method（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） r_seed（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） rak() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） rand_start（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） random_starting_tree（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） randomize() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） randomized()（Bio.Phylo.BaseTree.Tree 類方法） range（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） rank() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） rapid_bootstrap_seed（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） rate（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） rate（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） raw() （Bio.Nexus.StandardData.StandardData 方法） rawdist（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） RaxmlCommandline（Bio.Phylo.Applications 中的類） rd（Bio.Sequencing.Ace 中的類） re_code（Bio.Phylo.PhyloXML.Taxonomy 屬性） re_doi（Bio.Phylo.PhyloXML.Reference 屬性） re_ref（Bio.Phylo.PhyloXML.Annotation 屬性） re_ref（Bio.Phylo.PhyloXML.Property 屬性） re_symbol（Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 屬性） re_value（Bio.Phylo.PhyloXML.MolSeq 屬性） reactant_ids（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 屬性） reaction_entries（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） reactions() （Bio.Pathway.System 方法） reactions（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） Reaction（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的類） reaction（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 屬性） Reaction（Bio.Pathway 中的類） read() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） read() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） read() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） read() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） read()（在 Bio.Affy.CelFile 模塊中） read()（在 Bio.Align.substitution_matrices 模塊中） read()（在 Bio.AlignIO 模塊中） read()（在 Bio.Blast.NCBIXML 模塊中） read()（在 Bio.Cluster 模塊中） read()（在 Bio.Compass 模塊中） read()（在 Bio.Emboss.Primer3 模塊中） read()（在 Bio.Emboss.PrimerSearch 模塊中） read()（在 Bio.Entrez 模塊中） read()（在 Bio.ExPASy.cellosaurus 模塊中） read()（在 Bio.ExPASy.Enzyme 模塊中） read()（在 Bio.ExPASy.Prodoc 模塊中） read()（在 Bio.ExPASy.Prosite 模塊中） read()（在 Bio.ExPASy.ScanProsite 模塊中） read()（在 Bio.GenBank 模塊中） read()（在 Bio.KEGG.Enzyme 模塊中） read()（在 Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 模塊中） read()（在 Bio.Medline 模塊中） read()（在 Bio.motifs 模塊中） read()（在 Bio.motifs.alignace 模塊中） read()（在 Bio.motifs.clusterbuster 模塊中） read()（在 Bio.motifs.jaspar 模塊中） read()（在 Bio.motifs.mast 模塊中） read()（在 Bio.motifs.meme 模塊中） read()（在 Bio.motifs.minimal 模塊中） read()（在 Bio.motifs.pfm 模塊中） read()（在 Bio.motifs.transfac 模塊中） read()（在 Bio.motifs.xms 模塊中） read()（在 Bio.phenotype 模塊中） read()（在 Bio.Phylo.PAML.baseml 模塊中） read()（在 Bio.Phylo.PAML.codeml 模塊中） read()（在 Bio.Phylo.PAML.yn00 模塊中） read()（在 Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模塊中） read()（在 Bio.PopGen.GenePop 模塊中） read()（在 Bio.PopGen.GenePop.FileParser 模塊中） read()（在 Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 模塊中） read()（在 Bio.SearchIO 模塊中） read()（在 Bio.SeqIO 模塊中） read()（在 Bio.Sequencing.Ace 模塊中） read()（在 Bio.Sequencing.Phd 模塊中） read()（在 Bio.SwissProt 模塊中） read()（在 Bio.UniGene 模塊中） read_cal（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） read_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml 方法） read_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml 方法） read_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00 方法） read_file1（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） read_file1（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） read_file2（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） read_file2（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） read_file（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） read_file（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） read_file（Bio.Sequencing.Applications.BwaSamseCommandline 屬性） read_next() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） read_PIC()（在 Bio.PDB.PICIO 模塊中） reader_keywords（Bio.Blast.ParseBlastTable.BlastTableReader 屬性） readfile（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） readline() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） ReadRocheXmlManifest()（在 Bio.SeqIO.SffIO 模塊中） Reads（Bio.Sequencing.Ace 中的類） realbranches（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） rearrangements（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） rearrange（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） record_has()（在 Bio.UniProt.GOA 模塊中） RECORD_START（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） RECORD_START（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） RECORD_START（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 屬性） recorded（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） RecordParser（Bio.GenBank 中的類） Record（Bio.Affy.CelFile 中的類） Record（Bio.Cluster 中的類） Record（Bio.Compass 中的類） Record（Bio.Emboss.Primer3 中的類） Record（Bio.ExPASy.cellosaurus 中的類） Record（Bio.ExPASy.Enzyme 中的類） Record（Bio.ExPASy.Prodoc 中的類） Record（Bio.ExPASy.Prosite 中的類） Record（Bio.ExPASy.ScanProsite 中的類） Record（Bio.GenBank.Record 中的類） Record（Bio.Geo.Record 中的類） Record（Bio.KEGG.Compound 中的類） Record（Bio.KEGG.Enzyme 中的類） Record（Bio.KEGG.Gene 中的類） Record（Bio.Medline 中的類） Record（Bio.motifs.alignace 中的類） Record（Bio.motifs.clusterbuster 中的類） Record（Bio.motifs.jaspar 中的類） Record（Bio.motifs.mast 中的類） Record（Bio.motifs.meme 中的類） Record（Bio.motifs.minimal 中的類） Record（Bio.motifs.pfm 中的類） Record（Bio.motifs.transfac 中的類） Record（Bio.motifs.xms 中的類） Record（Bio.PopGen.GenePop 中的類） Record（Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 中的類） Record（Bio.SCOP.Cla 中的類） Record（Bio.SCOP.Des 中的類） Record（Bio.SCOP.Dom 中的類） Record（Bio.SCOP.Hie 中的類） Record（Bio.Sequencing.Phd 中的類） Record（Bio.SwissProt 中的類） Record（Bio.SwissProt.KeyWList 中的類） Record（Bio.UniGene 中的類） red() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） ref_db（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 屬性） ref_db（Bio.SeqFeature.SeqFeature 屬性） reference() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） reference() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法）

reference_keys（Bio.motifs.transfac.Motif 屬性） Reference（Bio.ExPASy.Prodoc 中的類） Reference（Bio.GenBank.Record 中的類） Reference（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） Reference（Bio.SeqFeature 中的類） reference（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） reference（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） reference（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） reference（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） reference（Bio.Sequencing.Applications.BwaSamseCommandline 屬性） Reference（Bio.SwissProt 中的類） refinewindow（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） refinew（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） refine（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） refmat()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） refresh（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） ref（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 屬性） ref（Bio.SeqFeature.SeqFeature 屬性） ref（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） ref（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsFaidxCommandline 屬性） region（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性） register_ncbi_table()（在 Bio.Data.CodonTable 模塊中） regular（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） relations（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 屬性） Relation（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的類） relative_atom_re（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 屬性） RelaxedPhylipIterator（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的類） RelaxedPhylipWriter（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的類） remote（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） remote（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） remote（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） remote（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） remote（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） remote（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） remote（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） remote（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） remote（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） remove() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） remove() （BioSQL.Loader.DatabaseRemover 方法） remove_component() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） remove_edge() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） remove_edge() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） remove_entry() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） remove_graphics() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） remove_loci_by_name() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_loci_by_position() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_locus_by_name() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_locus_by_name() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） remove_locus_by_position() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_locus_by_position() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） remove_node() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） remove_node() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） remove_population() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_population() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） remove_reaction() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） remove_reaction() （Bio.Pathway.System 方法） remove_relation() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） remove_succ() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） reorder（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） repeats（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） replace() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） replace_entry()（在 Bio.NMR.xpktools 模塊中） replacement_dictionary() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） report_IC()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模塊中） report（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） reps（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） reset() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） residue_depth()（在 Bio.PDB.ResidueDepth 模塊中） residue_dict() （Bio.NMR.xpktools.Peaklist 方法） ResidueDepth（Bio.PDB.ResidueDepth 中的類） residuenumber（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） Residues（Bio.SCOP.Residues 中的類） Residue（Bio.PDB.Residue 中的類） resname（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey.fieldsDef 屬性） respos（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey.fieldsDef 屬性） rest() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） Res（Bio.SCOP.Raf 中的類） retree（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） retrieve_pdb_file() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） reverse() （Bio.Pathway.Reaction 方法） reverse() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） reverse_complement() （Bio.motifs.Instances 方法） reverse_complement() （Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 方法） reverse_complement() （Bio.motifs.Motif 方法） reverse_complement() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） reverse_complement() （Bio.Seq.Seq 方法） reverse_complement() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） reverse_complement() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） reverse_complement()（在 Bio.Seq 模塊中） reverse_complement_rna() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） reverseinput（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） reverse（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） reward（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） rewriteformat（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） rfind() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） rformat（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） rformat（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） rformat（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） rformat（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） rho（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） richards()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模塊中） rid（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） right_multiply() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） rindex() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） rollback() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） rollback() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） root1（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） root2（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） root_at_midpoint() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） root_with_outgroup() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） root_with_outgroup() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） root（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） root（Bio.Phylo.BaseTree.Clade 屬性） rotaxis()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） rotaxis2m()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） rotmat()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） Round（Bio.Blast.Record 中的類） rpsdb（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） rsplit() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） rstrip() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） rt（Bio.Sequencing.Ace 中的類） run() （Bio.PDB.QCPSuperimposer.QCPSuperimposer 方法） run() （Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml 方法） run() （Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml 方法） run() （Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00 方法） run() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） run_id（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） run_naccess()（在 Bio.PDB.NACCESS 模塊中） run_psea()（在 Bio.PDB.PSEA 模塊中） R（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） r（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） R（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） r（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） r（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） r（Bio.Sequencing.Applications.BwaSamseCommandline 屬性） r（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） R（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） r（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） r（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） R（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性） r（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

S

safename()（在 Bio.Nexus.Nexus 模塊中） sai_file1（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） sai_file2（Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline 屬性） sai_file（Bio.Sequencing.Applications.BwaSamseCommandline 屬性） salt_correction()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模塊中） saltconc（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） sam_file（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsReheaderCommandline 屬性） SamtoolsCalmdCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsCatCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsFaidxCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsFixmateCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsIdxstatsCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsIndexCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsMergeCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsMpileupCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsPhaseCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsReheaderCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsRmdupCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsSortCommandline()（在 Bio.Sequencing.Applications 模塊中） SamtoolsTargetcutCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsVersion0xSortCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsVersion1xSortCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） SamtoolsViewCommandline（Bio.Sequencing.Applications 中的類） sanitize_name()（在 Bio.AlignIO.PhylipIO 模塊中） save() （Bio.Cluster.Record 方法） save() （Bio.PDB.mmcifio.MMCIFIO 方法） save() （Bio.PDB.PDBIO.PDBIO 方法） save()（在 Bio.MarkovModel 模塊中） save_dtd_file() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） save_each_pssm（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） save_each_pssm（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） save_pssm_after_last_round（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） save_pssm_after_last_round（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） save_xsd_file() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） scalebranches（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） ScaledDPAlgorithms（Bio.HMM.DynamicProgramming 中的類） scan()（在 Bio.ExPASy.ScanProsite 模塊中） schemaHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） scientific_name() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Scop（Bio.SCOP 中的類） score() （Bio.Align.PairwiseAligner 方法） ScoreDistribution（Bio.motifs.thresholds 中的類） scorefile（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） Scorer（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） score（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） search() （Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex 方法） search() （Bio.motifs.Instances 方法） search() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） search() （Bio.PDB.NeighborSearch.NeighborSearch 方法） search() （Bio.Phylo.TreeConstruction.NNITreeSearcher 方法） search() （Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeSearcher 方法） search()（在 Bio.SCOP 模塊中） search()（在 Bio.TogoWS 模塊中） search_all() （Bio.PDB.NeighborSearch.NeighborSearch 方法） search_count()（在 Bio.TogoWS 模塊中） search_iter()（在 Bio.TogoWS 模塊中） search_taxon() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） searchsp（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） search（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） secondary_structure_fraction() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） second（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） secstrout（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） seed（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） seed（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） seed（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） seed（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） seed（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） seed（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） seed（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） seed（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） seek() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） seek_position() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） seekable() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） seekable() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） seguid()（在 Bio.SeqUtils.CheckSum 模塊中） seg（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） seg（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） seg（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） seg（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） seg（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） seg（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） seg（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） seg（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） select() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） Select（Bio.PDB.PDBIO 中的類） seq1()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） seq3()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） SEQ_TYPES（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） seqall（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） SeqFeature（Bio.SeqFeature 中的類） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） seqidlist（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） SeqMapIndex（Bio.SCOP.Raf 中的類） SeqMap（Bio.SCOP.Raf 中的類） SeqmatchallCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） seqno_range（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） seqnos（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） SeqRecord（Bio.SeqRecord 中的類） SeqretCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） seqtype（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） seqtype（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） seqtype（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） sequence() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） SEQUENCE_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 屬性） SEQUENCE_HEADERS（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 屬性） SEQUENCE_HEADERS（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） SEQUENCE_HEADERS（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 屬性） SEQUENCE_INDENT（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 屬性） sequence_relation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） sequence_relation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） SequenceDataAbstractBaseClass（Bio.Seq 中的類） SequenceIterator（Bio.SeqIO.Interfaces 中的類） SequenceLine（Bio.UniGene 中的類） SequenceRelation（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） sequences（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） sequences（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） SequenceWriter（Bio.SeqIO.Interfaces 中的類） sequence（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） sequence（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） Sequence（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） SequentialAlignmentWriter（Bio.AlignIO.Interfaces 中的類） SequentialPhylipIterator（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的類） SequentialPhylipWriter（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的類） SequentialSequenceWriter（Bio.SeqIO.Interfaces 中的類） sequential（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） SeqXmlIterator（Bio.SeqIO.SeqXmlIO 中的類） SeqXmlWriter（Bio.SeqIO.SeqXmlIO 中的類） Seq（Bio.Seq 中的類） seq（Bio.SeqRecord.SeqRecord 屬性） seq（BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord 屬性） set() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） set() （Bio.PDB.QCPSuperimposer.QCPSuperimposer 方法） set() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） set_accuracy_95()（在 Bio.PDB.internal_coords 模塊中） set_altloc() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_angle() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） set_anisou() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_anisou() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_atoms() （Bio.PDB.Superimposer.Superimposer 方法） set_bfactor() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_cai_index() （Bio.SeqUtils.CodonUsage.CodonAdaptationIndex 方法） set_charge() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_coord() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_data() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） set_dict() （Bio.PDB.mmcifio.MMCIFIO 方法） set_emission_pseudocount() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_emission_score() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_equal_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_flexible() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） set_handle() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） set_hbond() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） set_header() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_hedra() （Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 方法） set_hit_accession() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） set_hit_def() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） set_hit_id() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） set_hit_len() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） set_homog_trans_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） set_id() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） set_initial_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_length() （Bio.PDB.internal_coords.Hedron 方法） set_length() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） set_line_counter() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_occupancy() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_original_taxon_order() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） set_parameter() （Bio.Application.AbstractCommandline 方法） set_parent() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_parent() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） set_parent() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） set_prev() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） set_radius() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_random_emission_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_random_initial_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_random_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_random_transition_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_residues() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） set_serial_number() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_sigatm() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_sigatm() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_siguij() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_siguij() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_structure() （Bio.PDB.PDBIO.StructureIO 方法） set_subtree() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） set_succ() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） set_symmetry() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_transition_pseudocount() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_transition_score() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_X_homog_rot_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） set_Y_homog_rot_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） set_Z_homog_rot_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） SffIterator（Bio.SeqIO.SffIO 中的類） SffWriter（Bio.SeqIO.SffIO 中的類） sformat（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） shape（Bio.Align.PairwiseAlignment 屬性） shortnames（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） show_domain_hits（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性）

show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） show_gis（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） showtree（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） showxml（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） ShrakeRupley（Bio.PDB.SASA 中的類） shuffle（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） similarity（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） similarity（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） similarity（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） SimpleFastaParser()（在 Bio.SeqIO.FastaIO 模塊中） sink() （Bio.Pathway.Network 方法） sink_interactions() （Bio.Pathway.Network 方法） six_frame_translations()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） sixmerpair（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） skip_header() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） skip_population() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） skip_whitespace() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） skipCharacterDataHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） skipins（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） slownni（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） slow（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） smin（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） smoothscoreceil（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） smoothwindow（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） smprint() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） SnapGeneIterator（Bio.SeqIO.SnapGeneIO 中的類） snucleotide（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） snucleotide（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） snucleotide（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） snucleotide（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） snucleotide（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） soft_masking（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） solexa_quality_from_phred()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模塊中） somcluster() （Bio.Cluster.Record 方法） somcluster()（在 Bio.Cluster 模塊中） sort() （Bio.Align.MultipleSeqAlignment 方法） sort() （Bio.Align.PairwiseAlignment 方法） sort() （Bio.Cluster.Tree 方法） sort() （Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue 方法） sort() （Bio.Sequencing.Ace.ACEFileRecord 方法） source() （Bio.Pathway.Network 方法） source_interactions() （Bio.Pathway.Network 方法） space（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） speciations() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） species() （Bio.Pathway.Network 方法） species() （Bio.Pathway.Reaction 方法） species() （Bio.Pathway.System 方法） splicepenalty（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） splice（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） split() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） split() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） split() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） split_in_loci() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） split_in_pops() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） split_jaspar_id()（在 Bio.motifs.jaspar 模塊中） split_virtual_offset()（在 Bio.bgzf 模塊中） spn（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） sprlength（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） sprotein（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） sprotein（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） sprotein（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） sprotein（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） sprotein（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） spr（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） spscore（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） sp（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） Sqlite_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的類） ss_to_index()（在 Bio.PDB.DSSP 模塊中） stable（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） StandardData（Bio.Nexus.StandardData 中的類） stars（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） start_codons（Bio.Data.CodonTable.CodonTable 屬性） start_read() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） startDBRefElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startDescriptionElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startDocument() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startElement() （Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 方法） startElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） startEntryElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startEntryFieldElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） starting_tree（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） startNamespaceDeclHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） startPropertyElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startRawElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） startSequenceElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startSeqXMLElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startSkipElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） startSpeciesElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startswith() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） start（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 屬性） start（Bio.SeqFeature.FeatureLocation 屬性） Statistics（Bio.Wise.dnal 中的類） stats（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） std() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） stdout（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） stdout（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） stdo（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） StepMatrix（Bio.Nexus.Nexus 中的類） stochiometry() （Bio.Pathway.System 方法） StockholmIterator（Bio.AlignIO.StockholmIO 中的類） StockholmWriter（Bio.AlignIO.StockholmIO 中的類） stop_codons（Bio.Data.CodonTable.CodonTable 屬性） store() （Bio.Entrez.Parser.DictionaryElement 方法） store() （Bio.Entrez.Parser.ListElement 方法） strandendin（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） strandendout（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） strandgap（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） strand（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） strand（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） strand（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） strand（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） strand（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 屬性） strand（Bio.SeqFeature.FeatureLocation 屬性） strand（Bio.SeqFeature.SeqFeature 屬性） StreamModeError StretcherCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） strict_consensus()（在 Bio.Phylo.Consensus 模塊中） StringElement（Bio.Entrez.Parser 中的類） strings（Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 屬性） strip() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） structure_rebuild_test()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模塊中） StructureAlignment（Bio.PDB.StructureAlignment 中的類） StructureBuilder（Bio.PDB.StructureBuilder 中的類） STRUCTURED_COMMENT_DELIM（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） STRUCTURED_COMMENT_DELIM（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 屬性） STRUCTURED_COMMENT_END（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） STRUCTURED_COMMENT_END（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 屬性） STRUCTURED_COMMENT_START（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 屬性） STRUCTURED_COMMENT_START（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 屬性） StructureIO（Bio.PDB.PDBIO 中的類） Structure（Bio.PDB.Structure 中的類） STSLine（Bio.UniGene 中的類） style（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） subject_loc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） subject_loc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） subject_loc（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） subject_loc（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） subject_loc（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） subject_loc（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） subject_loc（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） subject（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） subject（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） subject（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） subject（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） subject（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） subject（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） subject（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） substitutions（Bio.Align.MultipleSeqAlignment 屬性） substitutions（Bio.Align.PairwiseAlignment 屬性） substrates（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 屬性） subtract_control() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） sueff（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） sum() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） sum_branchlength() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） sum_statistics（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） sum_stats（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） SummaryInfo（Bio.Align.AlignInfo 中的類） Superimposer（Bio.PDB.Superimposer 中的類） SVDSuperimposer（Bio.SVDSuperimposer 中的類） sv（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） SwissIterator()（在 Bio.SeqIO.SwissIO 模塊中） SwissProtParserError symbol() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） synonym() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） System（Bio.Pathway 中的類） s（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） S（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） S（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） S（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsRmdupCommandline 屬性） s（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsRmdupCommandline 屬性） S（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

T

TabIterator（Bio.SeqIO.TabIO 中的類） table（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） TabWriter（Bio.SeqIO.TabIO 中的類） target（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） task（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） task（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） task（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） task（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） task（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） taxid_map（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） taxid（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） taxonomy() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Taxonomy（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） taxonomy（Bio.Phylo.PhyloXML.Clade 屬性） ta（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） TCoffeeCommandline（Bio.Align.Applications 中的類） tell() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） tell() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） template_length（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） template_type（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） termgap（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） terminal_gap_to_missing() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） terminalgap（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） test_genic_diff_all() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_genic_diff_pair() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_genotypic_diff_all() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_genotypic_diff_pair() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_global_hz_deficiency() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_global_hz_excess() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_hw_global() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） test_hw_pop() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） test_ld() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_ld_all_pair() （Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController 方法） test_pop_hz_deficiency() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_pop_hz_excess() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test_pop_hz_prob() （Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController 方法） test（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） thorough（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） threads（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） threads（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） thread（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） three_to_index()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模塊中） three_to_one()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模塊中） threshold_balanced() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） threshold_fnr() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） threshold_fpr() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） threshold_patser() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） threshold（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） threshold（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） threshold（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） threshold（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） threshold（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） threshold（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） threshold（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） threshold（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） threshold（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） threshold（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） threshold（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） thresh（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） thresh（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） thr（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） title（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） Tm_GC()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模塊中） Tm_NN()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模塊中） Tm_staluc()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模塊中） Tm_Wallace()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模塊中） tm（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） tname() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） to_alignment() （Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 方法） to_dict() （Bio.motifs.jaspar.Record 方法） to_dict()（在 Bio.SearchIO 模塊中） to_dict()（在 Bio.SeqIO 模塊中） to_generic() （Bio.Blast.Record.MultipleAlignment 方法） to_hex() （Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 方法） to_phylogeny() （Bio.Phylo.PhyloXML.Clade 方法） to_phyloxml_container() （Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 方法） to_rgb() （Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 方法） to_seqfeature() （Bio.Phylo.PhyloXML.ProteinDomain 方法） to_seqrecord() （Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 方法） to_string() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） to_strings() （Bio.Phylo.NewickIO.Writer 方法） toClaRecord() （Bio.SCOP.Domain 方法） toDesRecord() （Bio.SCOP.Domain 方法） toDesRecord() （Bio.SCOP.Node 方法）

toHieRecord() （Bio.SCOP.Node 方法） toMultipleSeqAlignment() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法） tomutable() （Bio.Seq.Seq 方法） topdiags（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） topm（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） top（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） toSeq() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） toseq() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） tossgaps（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） total_branch_length() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） trace() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） trace() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） train() （Bio.HMM.Trainer.BaumWelchTrainer 方法） train() （Bio.HMM.Trainer.KnownStateTrainer 方法） train()（在 Bio.kNN 模塊中） train()（在 Bio.LogisticRegression 模塊中） train()（在 Bio.MaxEntropy 模塊中） train()（在 Bio.NaiveBayes 模塊中） train_bw()（在 Bio.MarkovModel 模塊中） train_visible()（在 Bio.MarkovModel 模塊中） TrainingSequence（Bio.HMM.Trainer 中的類） train（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） TranalignCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） transcribe() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） transcribe()（在 Bio.Seq 模塊中） transform() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） transform() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） transform() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） transformation() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） transitions_from() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） transitions_to() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） translate() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） translate() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） translate() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） translate() （Bio.SeqFeature.SeqFeature 方法） translate() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） translate()（在 Bio.Seq 模塊中） translate（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） TranslationError transpose() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） transversion（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） transweight（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） tree1（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） tree2（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） treecluster() （Bio.Cluster.Record 方法） treecluster()（在 Bio.Cluster 模塊中） TreeConstructor（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） TreeElement（Bio.Phylo.BaseTree 中的類） TreeError TreeMixin（Bio.Phylo.BaseTree 中的類） treeout（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） treeprint（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） TreeSearcher（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的類） treetype（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） tree（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） tree（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） Tree（Bio.Cluster 中的類） Tree（Bio.Nexus.Trees 中的類） Tree（Bio.Phylo.BaseTree 中的類） Tree（Bio.Phylo.CDAO 中的類） Tree（Bio.Phylo.Newick 中的類） Tree（Bio.Phylo.NeXML 中的類） trimming（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） trout（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） trout（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） trout（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） trout（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） truncate（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） ts_tv_ratio（Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline 屬性） ttratio（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） ttratio（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） twice（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） TwoBitIterator（Bio.SeqIO.TwoBitIO 中的類） type() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） types（Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 屬性） type（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） type（Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline 屬性） t（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） t（Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline 屬性） T（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） t（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） T（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） t（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） T（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion1xSortCommandline 屬性） t（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

U

UncertainPosition（Bio.SeqFeature 中的類） unconverted（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） UndefinedSequenceError unfold_entities()（在 Bio.PDB.Selection 模塊中） ungap() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） ungap() （Bio.Seq.Seq 方法） ungap() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） ungapped（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） ungapped（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） ungapped（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） ungapped（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） ungapped（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） uniform（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） UniprotIterator()（在 Bio.SeqIO.UniprotIO 模塊中） uniqueify()（在 Bio.PDB.Selection 模塊中） UnknownPosition（Bio.SeqFeature 中的類） UnknownSeq（Bio.Seq 中的類） unlink() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） unroot() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） update() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） update_emissions() （Bio.HMM.Trainer.BaumWelchTrainer 方法） update_pdb() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） update_transitions() （Bio.HMM.Trainer.BaumWelchTrainer 方法） upgma() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 方法）

upper() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） upper() （Bio.Seq.UnknownSeq 方法） upper() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） uri() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） uri() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Uri（Bio.Phylo.PhyloXML 中的類） use_index（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） use_sw_tback（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） use_sw_tback（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） use_sw_tback（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） use_sw_tback（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） use_sw_tback（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） use_sw_tback（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） use_sw_tback（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） usekimura（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） uselogs（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） usetree1（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） usetree2（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） usetree（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） usetree（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） U（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性） u（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline 屬性） u（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline 屬性） u（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline 屬性） u（Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline 屬性）

V

ValidationError value() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） values() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） values() （Bio.Phylo.PhyloXML.Events 方法） values() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） values() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） variation（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） vector_to_axis()（在 Bio.PDB.vectors 模塊中） Vector（Bio.PDB.vectors 中的類） verbose（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） verbose（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） verbose（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） verbose（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性）

verbose（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） verbose（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） version（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） version（Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline 屬性） version（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） version（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） version（Bio.motifs.jaspar.Motif 屬性） version（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） viterbi() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） viterbi（Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline 屬性） v（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性）

W

wag（Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.IepCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline 屬性） warning（Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline 屬性） WaterCommandline（Bio.Emboss.Applications 中的類） wa（Bio.Sequencing.Ace 中的類） weblogo() （Bio.motifs.Motif 方法） weight1（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） weight2（Bio.Align.Applications.MuscleCommandline 屬性） weight_filename（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） weighted_stepmatrix() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） weighting() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） weighti（Bio.Align.Applications.MafftCommandline 屬性） weights（Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline 屬性） weights（Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline 屬性） weights（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） weights（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） weights（Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline 屬性） WellRecord（Bio.phenotype.phen_micro 中的類） whichcode（Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline 屬性） whichcode（Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline 屬性） width() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） width（Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline 屬性） width（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性） window_masker_db（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） window_masker_taxid（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） window_size（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） window（Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline 屬性） WithinPosition（Bio.SeqFeature 中的類） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） word_size（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） wordsize（Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline 屬性） wordsize（Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline 屬性） working_dir（Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline 屬性） wrap（Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline 屬性） write() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） write() （Bio.phenotype.phen_micro.JsonWriter 方法） write() （Bio.Phylo.NewickIO.Writer 方法） write() （Bio.Phylo.NeXMLIO.Writer 方法） write() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） write()（在 Bio.AlignIO 模塊中） write()（在 Bio.motifs 模塊中） write()（在 Bio.motifs.clusterbuster 模塊中） write()（在 Bio.motifs.jaspar 模塊中） write()（在 Bio.motifs.pfm 模塊中） write()（在 Bio.motifs.transfac 模塊中） write()（在 Bio.phenotype 模塊中）

write()（在 Bio.Phylo.NewickIO 模塊中） write()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模塊中） write()（在 Bio.Phylo.NexusIO 模塊中） write()（在 Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模塊中） write()（在 Bio.SearchIO 模塊中） write()（在 Bio.SeqIO 模塊中） write_alignment() （Bio.AlignIO.ClustalIO.ClustalWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.MafIO.MafWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.MauveIO.MauveWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.NexusIO.NexusWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmWriter 方法） write_cal（Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline 屬性） write_cla() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_cla_sql() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml 方法） write_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml 方法） write_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00 方法） write_des() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_des_sql() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_file() （Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.AlignIO.NexusIO.NexusWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.BlatIO.BlatPslWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabWriter 方法） write_file() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） write_file() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequentialSequenceWriter 方法） write_file() （Bio.SeqIO.NibIO.NibWriter 方法） write_file() （Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter 方法） write_file() （Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaWriter 方法） write_footer() （Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter 方法） write_footer() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） write_footer() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequentialSequenceWriter 方法） write_footer() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter 方法） write_header() （Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.AlignIO.MafIO.MafWriter 方法） write_header() （Bio.NMR.xpktools.Peaklist 方法） write_header() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） write_header() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequentialSequenceWriter 方法） write_header() （Bio.SeqIO.NibIO.NibWriter 方法） write_header() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter 方法） write_header() （Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter 方法） write_hie() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_hie_sql() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_nexus_data() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） write_nexus_data_partitions() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） write_PDB()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模塊中） write_PIC() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） write_PIC()（在 Bio.PDB.PICIO 模塊中） write_record() （Bio.SeqIO.FastaIO.FastaWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequentialSequenceWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.NibIO.NibWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.PhdIO.PhdWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.PirIO.PirWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.QualityIO.FastqIlluminaWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.QualityIO.FastqPhredWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.QualityIO.FastqSolexaWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.QualityIO.QualPhredWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.TabIO.TabWriter 方法） write_records() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） write_records() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequentialSequenceWriter 方法） write_SCAD() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） write_SCAD()（在 Bio.PDB.SCADIO 模塊中） writeanc（Bio.Align.Applications.PrankCommandline 屬性） writebyproteinrec()（在 Bio.UniProt.GOA 模塊中） writerec()（在 Bio.UniProt.GOA 模塊中） Writer（Bio.Phylo.NewickIO 中的類） Writer（Bio.Phylo.NeXMLIO 中的類） Writer（Bio.Phylo.PhyloXMLIO 中的類） writeToSQL() （Bio.SCOP.Astral 方法） wr（Bio.Sequencing.Ace 中的類） w（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性） w（Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline 屬性）

X

XdnaIterator（Bio.SeqIO.XdnaIO 中的類） XdnaWriter（Bio.SeqIO.XdnaIO 中的類） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） xdrop_gap_final（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性）

xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） xdrop_gap（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline 屬性） xdrop_ungap（Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline 屬性） xfr（Bio.Align.Applications.DialignCommandline 屬性） xGC_skew()（在 Bio.SeqUtils 模塊中） xmlDeclHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） XMSScanner（Bio.motifs.xms 中的類） XpkEntry（Bio.NMR.xpktools 中的類） x（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性）

Y

Yn00Error

Yn00（Bio.Phylo.PAML.yn00 中的類） y（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 屬性）

Z

z（Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline 屬性）

模

模塊 Bio Bio.Affy Bio.Affy.CelFile Bio.Align Bio.Align.AlignInfo Bio.Align.Applications Bio.Align.substitution_matrices Bio.AlignIO Bio.AlignIO.ClustalIO Bio.AlignIO.EmbossIO Bio.AlignIO.FastaIO Bio.AlignIO.Interfaces Bio.AlignIO.MafIO Bio.AlignIO.MauveIO Bio.AlignIO.MsfIO Bio.AlignIO.NexusIO Bio.AlignIO.PhylipIO Bio.AlignIO.StockholmIO Bio.Application Bio.bgzf Bio.Blast Bio.Blast.Applications Bio.Blast.NCBIWWW Bio.Blast.NCBIXML Bio.Blast.ParseBlastTable Bio.Blast.Record Bio.CAPS Bio.Cluster Bio.codonalign Bio.codonalign.codonalignment Bio.codonalign.codonseq Bio.Compass Bio.Data Bio.Data.CodonTable Bio.Data.IUPACData Bio.Data.SCOPData Bio.Emboss Bio.Emboss.Applications Bio.Emboss.Primer3 Bio.Emboss.PrimerSearch Bio.Entrez Bio.Entrez.Parser Bio.ExPASy Bio.ExPASy.cellosaurus Bio.ExPASy.Enzyme Bio.ExPASy.Prodoc Bio.ExPASy.Prosite Bio.ExPASy.ScanProsite Bio.File Bio.GenBank Bio.GenBank.Record Bio.GenBank.Scanner Bio.GenBank.utils Bio.Geo Bio.Geo.Record Bio.HMM Bio.HMM.DynamicProgramming Bio.HMM.MarkovModel Bio.HMM.Trainer Bio.HMM.Utilities Bio.KEGG Bio.KEGG.Compound Bio.KEGG.Enzyme Bio.KEGG.Gene Bio.KEGG.KGML Bio.KEGG.KGML.KGML_parser Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway Bio.KEGG.Map Bio.KEGG.REST Bio.kNN Bio.LogisticRegression Bio.MarkovModel Bio.MaxEntropy Bio.Medline Bio.motifs Bio.motifs.alignace Bio.motifs.applications Bio.motifs.clusterbuster Bio.motifs.jaspar Bio.motifs.jaspar.db Bio.motifs.mast Bio.motifs.matrix Bio.motifs.meme Bio.motifs.minimal Bio.motifs.pfm Bio.motifs.thresholds Bio.motifs.transfac Bio.motifs.xms Bio.NaiveBayes Bio.Nexus Bio.Nexus.Nexus Bio.Nexus.Nodes Bio.Nexus.StandardData Bio.Nexus.Trees Bio.NMR Bio.NMR.NOEtools Bio.NMR.xpktools Bio.pairwise2 Bio.Pathway Bio.Pathway.Rep Bio.Pathway.Rep.Graph Bio.Pathway.Rep.MultiGraph Bio.PDB Bio.PDB.AbstractPropertyMap Bio.PDB.Atom Bio.PDB.Chain Bio.PDB.Dice Bio.PDB.DSSP Bio.PDB.Entity Bio.PDB.FragmentMapper Bio.PDB.HSExposure Bio.PDB.ic_data Bio.PDB.ic_rebuild Bio.PDB.internal_coords Bio.PDB.MMCIF2Dict Bio.PDB.mmcifio Bio.PDB.MMCIFParser Bio.PDB.Model Bio.PDB.NACCESS Bio.PDB.NeighborSearch Bio.PDB.parse_pdb_header Bio.PDB.PDBExceptions Bio.PDB.PDBIO Bio.PDB.PDBList Bio.PDB.PDBParser Bio.PDB.PICIO Bio.PDB.Polypeptide Bio.PDB.PSEA Bio.PDB.QCPSuperimposer Bio.PDB.Residue Bio.PDB.ResidueDepth Bio.PDB.SASA Bio.PDB.SCADIO Bio.PDB.Selection Bio.PDB.Structure Bio.PDB.StructureAlignment Bio.PDB.StructureBuilder Bio.PDB.Superimposer Bio.PDB.vectors Bio.phenotype Bio.phenotype.phen_micro Bio.phenotype.pm_fitting Bio.Phylo Bio.Phylo.Applications Bio.Phylo.BaseTree Bio.Phylo.CDAO Bio.Phylo.Consensus Bio.Phylo.Newick Bio.Phylo.NewickIO Bio.Phylo.NeXML Bio.Phylo.NeXMLIO Bio.Phylo.NexusIO Bio.Phylo.PAML Bio.Phylo.PAML.baseml Bio.Phylo.PAML.chi2 Bio.Phylo.PAML.codeml Bio.Phylo.PAML.yn00 Bio.Phylo.PhyloXML Bio.Phylo.PhyloXMLIO Bio.Phylo.TreeConstruction Bio.PopGen Bio.PopGen.GenePop Bio.PopGen.GenePop.Controller Bio.PopGen.GenePop.EasyController Bio.PopGen.GenePop.FileParser Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser Bio.Restriction Bio.Restriction.PrintFormat Bio.Restriction.Restriction_Dictionary Bio.SCOP Bio.SCOP.Cla Bio.SCOP.Des Bio.SCOP.Dom Bio.SCOP.Hie Bio.SCOP.Raf Bio.SCOP.Residues Bio.SearchIO Bio.SearchIO.BlastIO Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab Bio.SearchIO.BlastIO.blast_text Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml Bio.SearchIO.BlatIO Bio.SearchIO.ExonerateIO Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar Bio.SearchIO.FastaIO Bio.SearchIO.HHsuiteIO Bio.SearchIO.HHsuiteIO.hhsuite2_text Bio.SearchIO.HmmerIO Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text Bio.SearchIO.InterproscanIO Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml Bio.Seq Bio.SeqFeature Bio.SeqIO Bio.SeqIO.AbiIO Bio.SeqIO.AceIO Bio.SeqIO.FastaIO Bio.SeqIO.GckIO Bio.SeqIO.IgIO Bio.SeqIO.InsdcIO Bio.SeqIO.Interfaces Bio.SeqIO.NibIO Bio.SeqIO.PdbIO Bio.SeqIO.PhdIO Bio.SeqIO.PirIO Bio.SeqIO.QualityIO Bio.SeqIO.SeqXmlIO Bio.SeqIO.SffIO Bio.SeqIO.SnapGeneIO Bio.SeqIO.SwissIO Bio.SeqIO.TabIO Bio.SeqIO.TwoBitIO Bio.SeqIO.UniprotIO Bio.SeqIO.XdnaIO Bio.SeqRecord Bio.Sequencing Bio.Sequencing.Ace Bio.Sequencing.Applications Bio.Sequencing.Phd Bio.SeqUtils Bio.SeqUtils.CheckSum Bio.SeqUtils.CodonUsage Bio.SeqUtils.CodonUsageIndices Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint Bio.SeqUtils.lcc Bio.SeqUtils.MeltingTemp Bio.SeqUtils.ProtParam Bio.SeqUtils.ProtParamData Bio.SVDSuperimposer Bio.SwissProt Bio.SwissProt.KeyWList Bio.TogoWS Bio.UniGene Bio.UniProt Bio.UniProt.GOA Bio.Wise Bio.Wise.dnal Bio.Wise.psw BioSQL BioSQL.BioSeq BioSQL.BioSeqDatabase BioSQL.DBUtils BioSQL.Loader